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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD不显示小分子
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

[求助] VMD不显示小分子

我用Gromacs跑完动力学之后，想看一下小分子的作用位点，但是用VMD导入之后为什么没有小分子的结构，只有蛋白的........哪位高手指点一下.........
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1楼 2012-05-29 17:49:16
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Tanya_snail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-30 07:35:05
蓝紫色玻璃心: 金币+5 2012-05-30 10:34:56
你把原子调大一点，用滑鼠就可以调整原子的大小了，显示方式改一下试试
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2楼2012-05-29 23:26:39
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Tanya_snail at 2012-05-29 23:26:39
你把原子调大一点，用滑鼠就可以调整原子的大小了，显示方式改一下试试

是不是说我用new cartoon显示的话只能显示蛋白吗？那我应该用什么显示方式呢？
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3楼2012-05-30 08:31:38
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-30 10:05:50
蓝紫色玻璃心: 金币+5 2012-05-30 10:33:41
小分子的 显示模式不对！ new cartoon只能显示蛋白，详情请查看 VMD说明书，或者 amber网站教学中的VMD使用教程，会给你详细的指导
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4楼2012-05-30 09:57:18
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
蓝紫色玻璃心: 金币+5 2012-05-30 10:34:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝紫色玻璃心 at 2012-05-30 08:31:38
是不是说我用new cartoon显示的话只能显示蛋白吗？那我应该用什么显示方式呢？...

你可以在VMD 中不同的分子用不同的显示方式，下面是我做模拟，用VMD 做漂亮显示的一段脚本，你可以参考，把这一段看懂了，你自己就会调节了

mol delrep 0 top

display Orthographic
color Display Background white

color Resname TIP3 green
#color Resname POT yellow
#color Resname CLA blue
color Resname GRA cyan
color Resname ADE blue
color Resname THY red

mol representation VDW 1.5 23
mol color ResName
mol selection {resname TIP3}
mol addrep top

mol representation VDW 1.5 23
mol color Name
mol selection {resname POT CLA}
mol addrep top

mol representation Licorice 0.3 60 60
mol color ResName
mol selection {resname GRA}
mol addrep top

mol representation NewCartoon
mol color ResName
mol selection {resname ADE THY}
mol addrep top
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5楼2012-05-30 10:15:47
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visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
蓝紫色玻璃心: 金币+3 2012-05-30 10:34:45
是不是打开的pdb文件，那么打开pdb文件看一下两个分子之间有end么
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6楼2012-05-30 10:27:59
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-05-30 09:57:18
小分子的 显示模式不对！ new cartoon只能显示蛋白，详情请查看 VMD说明书，或者 amber网站教学中的VMD使用教程，会给你详细的指导

哦，好的，谢谢哈，我自己看看
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7楼2012-05-30 10:33:32
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)
内容已删除
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8楼2012-05-30 10:34:12
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by visualization at 2012-05-30 10:27:59
是不是打开的pdb文件，那么打开pdb文件看一下两个分子之间有end么

我导入VMD中的是gro文件，这个文件格式不行吗？可能是我显示的方式不对，谢谢了哈
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9楼2012-05-30 10:34:38
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