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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】大家好，vmd能看生物分子活性吗
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luokei

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】大家好，vmd能看生物分子活性吗

大家好，用namd跑的MD，能用vmd看生物分子活性吗？有没有变性
如果想做这方面的分析，用哪款软件的哪个版块好(=@__@=)哪？
谢谢
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逆水行舟，不进则退
1楼 2010-11-05 10:00:03
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xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★
luokei(金币+2): 2010-11-05 14:55:56
zh1987hs(金币+2): 2010-11-05 18:47:14
VMD直接看变性好像是不可以，通常一个蛋白活性和结构有关，你可以看你所模拟的蛋白关键区域是否变化了，或是看下rmsd值，值越大越不稳定，越容易发生蛋白错误折叠等变化
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2楼2010-11-05 12:57:45
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luokei

铜虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 鼓励交流 2010-11-05 21:33:57
引用回帖:
Originally posted by xulinan at 2010-11-05 12:57:45:
VMD直接看变性好像是不可以，通常一个蛋白活性和结构有关，你可以看你所模拟的蛋白关键区域是否变化了，或是看下rmsd值，值越大越不稳定，越容易发生蛋白错误折叠等变化

谢谢。你说的“rmsd值，值越大越不稳定”是指的结构越不稳定？我看的得有关rmsd的结论是rmsd不再变化时，构象稳定。这两个说的结构和构象应该是不一样的吧？
“蛋白关键区域”这个还是第一次听说，回头查查，是不是人们说的活性点啊？
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逆水行舟，不进则退
3楼2010-11-05 15:01:15
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xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
luokei(金币+4): 2010-11-05 21:07:50
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-05 21:34:11
rmsd的大小不能单独来说稳定性的，比如你比较一个野生型和一个突变体，整体值大的肯定就没小的稳定。构象稳定指的是单个蛋白模拟过程的rmsd变化情况，整体变化越小，基本在一个水平线上说明稳定了。蛋白的关键区很多时候就是活性点，比如酶的活性中心，大部分蛋白的疏水核心，这些都在蛋白质功能中起重要作用。
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4楼2010-11-05 18:57:07
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luokei

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xulinan at 2010-11-05 18:57:07:
rmsd的大小不能单独来说稳定性的，比如你比较一个野生型和一个突变体，整体值大的肯定就没小的稳定。构象稳定指的是单个蛋白模拟过程的rmsd变化情况，整体变化越小，基本在一个水平线上说明稳定了。蛋白的关键区很 ...

a,今天听了你的这一席话，真是开眼了。原来还有这么多的讲究啊，我还一点也不知道，惭愧。希望高人给指点一下，推荐本这方面的书或资料吧，谢谢。
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逆水行舟，不进则退
5楼2010-11-05 21:11:54
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xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-11-06 09:18:02
luokei(金币+2): 2010-11-06 20:06:16
原来有过一本分子模拟的书，很薄还贵，我们实验室买了，大家都说一般，网友评价也不好，所有没什么现成的书推荐你的，抱歉。不过你可以看看文献，一般分析思路都是文献里复制的，哈哈，你可以根据你研究的内容查查相关的文献
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6楼2010-11-06 09:07:02
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britney137803

至尊木虫 (著名写手)
谢谢楼上，也明白了一些东西，原来是这样的啊
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7楼2010-11-09 09:53:38
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gaogao2013

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问，用vmd怎么看疏水和亲水基团，我看手册上的在TK控制台输入命令，但总是报错，望高手指点一二，还有模拟之后的肽链和初始链怎样放在一起拟合显示？
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fighting
8楼2013-04-01 17:02:08
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