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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】用VMD怎样显示3D结构的晶胞呢？
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congmingbing

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用VMD怎样显示3D结构的晶胞呢？ 已有2人参与

把lammps的dump文件(dump.atom)导入vmd后，可以显示三维晶体结构图，但是没有晶胞，dump文件中已经包含了box boundary,不知道怎样可以在vmd中显示unit cell呢？
谢谢高手指点！！
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1楼 2010-07-17 10:35:38
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490163142

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-07-17 19:03:00
如果你的晶胞是立方体的
在tkconsole中输入
moinfo top set a x
moinfo top set b y
moinfo top set c z
x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃
vmd mian->Graphical Represention->periodic

希望对你有用。
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2楼2010-07-17 18:34:18
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congmingbing

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 490163142 at 2010-07-17 18:34:18:
如果你的晶胞是立方体的
在tkconsole中输入
moinfo top set a x
moinfo top set b y
moinfo top set c z
x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃
vmd mian->Graphical Represention->periodic

希望 ...

谢谢回复，命令应该是molinfo,你落下了一个l.不过按照你说的操作了怎么还是没有变化呢。
打开tkconsole后，分别输入每条命令，然后回车吧。
还是没有显示晶胞。我的是立方结构。
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3楼2010-07-19 08:40:45
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490163142

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-07-19 10:14:55
congmingbing(金币+2): 2010-07-19 13:28:42
加上
molinfo top set alpha a
molinfo top set beta  b
molinfo top set gamma c
a b c 为三个角 单位为度

如果嫌麻烦
直接用pbc set {x y z a b c} 就行了
我用的是VMD1.8.7
a轴一定得平行于VMD中的x轴，其它的就随便了。
我已开始在做的时候没遇到什么问题，你说的情况我还真不太清楚，你看看这个方法行不，这是师兄告诉我的。
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4楼2010-07-19 10:09:14
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congmingbing

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 490163142 at 2010-07-19 10:09:14:
加上
molinfo top set alpha a
molinfo top set beta  b
molinfo top set gamma c
a b c 为三个角 单位为度

如果嫌麻烦
直接用pbc set {x y z a b c} 就行了
我用的是VMD1.8.7
a轴一定得平行于VMD中的x ...

我也是用的vmd1.8.7,结构是通过file--new molecular导入的，导入的是dump.atom文件，vmd display窗口中显示最初的时间步的结构，按照你说的命令试过了，图形显示窗口中怎么没有反应呢，没有任何变化。
我不知道a轴是不是平行于vmd中的x, 这个怎么看呢？
不过我的是fcc结构，a b c都是一样的，应该没有关系吧。
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5楼2010-07-19 13:32:43
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490163142

金虫 (小有名气)
是的，你说的没错，我也不太会了现在，对不起。
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6楼2010-07-19 16:25:56
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congmingbing

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 490163142 at 2010-07-19 16:25:56:
是的，你说的没错，我也不太会了现在，对不起。

还是非常感谢你的帮助。
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7楼2010-07-19 19:23:55
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