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zyblhyzyx

银虫 (著名写手)

[交流] 【求助】如何显示晶胞结构中的原子编号与空间坐标? 已有6人参与

用MS模拟了一个粉末的晶体结构,现想写出其晶胞结构中各原子的分数坐标,但不知如何导出文件。文件中要对应原子编号及分数坐标.
请高手出手相助,不胜感谢!

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-2 at 13:07 ]
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御剑江湖

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-04-04 22:43:47
结构建模后导出.cif 文件,可以看到a,b,c ,基矢,各个原子坐标。

但是你要注意有可能输出文件中的C坐标为笛卡尔坐标,而刚开始给的C坐标是分数坐标。

如果是将模型放置在一个大的盒子中,或者计算的体系本来具有周期性,则直接用castep-->calculation-->save file,然后在文件夹下找到隐藏文件.cell,这里面就是分数坐标。
莫问前尘事,只怜今世缘,承临纵横风,御剑凡尘路,蹉跎浮华,嬉笑洒脱。
2楼2011-04-02 18:54:17
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zyblhyzyx

银虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-02 18:54:17:
结构建模后导出.cif 文件,可以看到a,b,c ,基矢,各个原子坐标。

但是你要注意有可能输出文件中的C坐标为笛卡尔坐标,而刚开始给的C坐标是分数坐标。

如果是将模型放置在一个大的盒子中,或者计算的体系本来 ...

非常感谢您的回复,能再问您一个问题吗?在MS中,结构式上的原子编号和名称是如何显示出来的?

如附件图所示,这样的效果如何得到?

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3楼2011-04-02 22:22:15
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御剑江湖

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
在MS中,结构式上的原子编号和名称,需要自己一个个原子标记。
这样的效果如何得到?需要自己手动构造!
莫问前尘事,只怜今世缘,承临纵横风,御剑凡尘路,蹉跎浮华,嬉笑洒脱。
4楼2011-04-02 22:44:48
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zyblhyzyx

银虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-02 22:44:48:
在MS中,结构式上的原子编号和名称,需要自己一个个原子标记。
这样的效果如何得到?需要自己手动构造!

原子的编号是按照什么原则来呢?实在不好意思,对这一块相当不熟悉!
有没有办法从MS里看原子的编号?
宇宙要能组装就好了!
5楼2011-04-02 22:56:58
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御剑江湖

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
编号根据自己模型的设置走,MSl里可以看到原子编号。
莫问前尘事,只怜今世缘,承临纵横风,御剑凡尘路,蹉跎浮华,嬉笑洒脱。
6楼2011-04-02 23:02:21
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zyblhyzyx

银虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-02 23:02:21:
编号根据自己模型的设置走,MSl里可以看到原子编号。

非常感谢您的热心帮助!
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7楼2011-04-02 23:13:18
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tongji888

禁虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

8楼2011-12-23 15:11:07
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likang198802

银虫 (小有名气)

顶,很有帮助,谢谢!
9楼2012-09-26 10:04:42
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刘小伟110

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by zyblhyzyx at 2011-04-02 22:22:15
非常感谢您的回复,能再问您一个问题吗?在MS中,结构式上的原子编号和名称是如何显示出来的?

如附件图所示,这样的效果如何得到?

...

请问lz,这种在MS中的编号,你会了吗,还望指教啊,不胜感激,期待您的回复
慢慢的思考。。。
10楼2013-12-17 21:50:32
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