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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】如何显示晶胞结构中的原子编号与空间坐标？
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zyblhyzyx

银虫 (著名写手)

[交流] 【求助】如何显示晶胞结构中的原子编号与空间坐标？ 已有6人参与

用MS模拟了一个粉末的晶体结构，现想写出其晶胞结构中各原子的分数坐标，但不知如何导出文件。文件中要对应原子编号及分数坐标.
请高手出手相助，不胜感谢！

[ Last edited by ghcacj on 2011-4-2 at 13:07 ]
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宇宙要能组装就好了！
1楼 2011-04-02 11:42:10
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tongji888

禁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
8楼2011-12-23 15:11:07
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-04-04 22:43:47
结构建模后导出.cif 文件，可以看到a,b,c ,基矢，各个原子坐标。

但是你要注意有可能输出文件中的C坐标为笛卡尔坐标，而刚开始给的C坐标是分数坐标。

如果是将模型放置在一个大的盒子中，或者计算的体系本来具有周期性，则直接用castep-->calculation-->save file,然后在文件夹下找到隐藏文件.cell，这里面就是分数坐标。
赞一下(3人) 回复此楼
莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
2楼2011-04-02 18:54:17
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zyblhyzyx

银虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-02 18:54:17:
结构建模后导出.cif 文件，可以看到a,b,c ,基矢，各个原子坐标。

但是你要注意有可能输出文件中的C坐标为笛卡尔坐标，而刚开始给的C坐标是分数坐标。

如果是将模型放置在一个大的盒子中，或者计算的体系本来 ...

非常感谢您的回复，能再问您一个问题吗？在MS中，结构式上的原子编号和名称是如何显示出来的？

如附件图所示，这样的效果如何得到？
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宇宙要能组装就好了！
3楼2011-04-02 22:22:15
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
在MS中，结构式上的原子编号和名称,需要自己一个个原子标记。
这样的效果如何得到？需要自己手动构造！
赞一下(1人) 回复此楼
莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
4楼2011-04-02 22:44:48
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