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【原创】VMD如何显示晶胞格子
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VMD是一款非常强大的分子动力学后处理软件，而在使用中有个问题经常困扰新手，如何在周期性模型上加上晶胞格子使其看起来更“漂亮”一点呢？VMD默认是不画晶格的 但作为一个强大的软件，能实现这个功能是肯定的，现在就有两种方法可以在VMD软件中画出晶格，试试吧： （1）VMD内置的pbctool工具箱，可直接在vmd控制台或者Tk控制台（Main menu->Extensions->Tk Console）中输入以下命令： pbc set [list a b c alpha beta gamma] pbc box -on 其中，a、b、c、alpha、beta、gamma是各个晶胞参数，如下图所示：  还可以设置box的线型、线宽和颜色，分别通过以下命令： pbc box -style lines|dashed| pbc box -width 2 pbc box -color red 更多选项可查阅：http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/ （2）tcl脚本：vmd_draw_unitcell。将下面内容保存在名为vmd_draw_unitcell.tcl的文件，放在vmd安装目录下（如：C:\Program Files\University of Illinois\VMD） # vmd extension procedure: # provide a 'draw unitcell' command # # $Id: vmd_draw_unitcell.tcl,v 1.2 2005/01/11 13:05:12 akohlmey Exp $ # Time-stamp: # # Copyright (c) 2003-2005 by # add a unitcell graphic to a molecule via a draw subcommand. # # options: # cell (vmd|auto|[list ]), default: "vmd" # "vmd" will use the internal values, # "auto" will build an orthogonal unitcell from the result of # 'measure minmax' plus 1 angstrom added in each direction. # else a list of a,b,c,alpha,beta,gamma will be assumed. # origin ([list ]|auto), default: {0.0 0.0 0.0}, "auto" with 'cell auto' # style: (lines|dashed|rod) default: line # width: default: 1.0 # resolution: default: 8 # proc vmd_draw_unitcell {molid args} { # parse arguments foreach {flag arg} $args { switch $flag { cell { set cell "$arg" } origin { set origin "$arg" } style { set style "$arg" } width { set width "$arg" } resolution { set resolution "$arg" } default { puts "unknown option: $flag"; return } } } if [info exists cell] { if {![info exists origin] && $cell == "auto"} { set origin auto } } else { set cell vmd } if ![info exists origin] { set origin {0.0 0.0 0.0} } if ![info exists style] { set style lines } if ![info exists width] { set width 1 } if ![info exists resolution] { set resolution 8 } # FIXME: add some checks on the arguments here. # handle auto keywords if {$cell == "auto" || $origin == "auto" } { set sel [atomselect $molid {all}] set minmax [measure minmax $sel] $sel delete unset sel if {$origin == "auto" } {set origin [vecsub [lindex $minmax 0] {1 1 1}]} if {$cell == "auto"} { set cell [vecadd [vecsub [lindex $minmax 1] [lindex $minmax 0]] {2 2 2}] lappend cell 90.0 90.0 90.0 } } if {$cell == "vmd" } {set cell [molinfo $molid get {a b c alpha beta gamma}]} global M_PI set sa [expr sin([lindex $cell 3]/180.0*$M_PI)] set ca [expr cos([lindex $cell 3]/180.0*$M_PI)] set cb [expr cos([lindex $cell 4]/180.0*$M_PI)] set cg [expr cos([lindex $cell 5]/180.0*$M_PI)] set sg [expr sin([lindex $cell 5]/180.0*$M_PI)] # set up cell vectors according to the VMD unitcell conventions. # the a-vector is collinear with the x-axis and # the b-vector is in the xy-plane. set a [vecscale [lindex $cell 0] {1 0 0}] set b [vecscale [lindex $cell 1] "$ca $sa 0"] set c [vecscale [lindex $cell 2] "$cb [expr ($ca - $cb*$cg)/$sg] [expr sqrt((1.0 + 2.0*$ca*$cb*$cg - $ca*$ca - $cb*$cb - $cg*$cg)/(1.0 - $cg*$cg))]"] # set up cell vertices set vert(0) $origin set vert(1) [vecadd $origin $a] set vert(2) [vecadd $origin $b] set vert(3) [vecadd $origin $a $b] set vert(4) [vecadd $origin $c] set vert(5) [vecadd $origin $a $c] set vert(6) [vecadd $origin $b $c] set vert(7) [vecadd $origin $a $b $c] unset sa ca cb cg sg set gid "" switch $style { rod { # set size and radius of spheres and cylinders set srad [expr $width * 0.003 * [veclength [vecadd $a $b $c]]] set crad [expr 0.99 * $srad] # draw spheres into the vertices ... for {set i 0} {$i < 8} {incr i} { lappend gid [graphics $molid sphere $vert($i) radius $srad resolution $resolution] } # ... and connect them with cylinders foreach {i j} {0 1 0 2 0 4 1 5 2 3 4 6 1 3 2 6 4 5 7 3 7 5 7 6} { lappend gid [graphics $molid cylinder $vert($i) $vert($j) radius $crad resolution $resolution] } } lines { set width [expr int($width + 0.5)] foreach {i j} {0 1 0 2 0 4 1 5 2 3 4 6 1 3 2 6 4 5 7 3 7 5 7 6} { lappend gid [graphics $molid line $vert($i) $vert($j) width $width style solid] } } dashed { set width [expr int($width + 0.5)] foreach {i j} {0 1 0 2 0 4 1 5 2 3 4 6 1 3 2 6 4 5 7 3 7 5 7 6} { lappend gid [graphics $molid line $vert($i) $vert($j) width $width style dashed] } } default { puts "unknown unitcell style: $style" ; return } } # return list of graphics indices so that they can be saved and deleted later. return $gid } ############################################################ # Local Variables: # mode: tcl # time-stamp-format: "%u %02d.%02m.%y %02H:%02M:%02S %s" # End: ############################################################ 用记事本打开vmd安装目录下的vmd.rc文件，在最后添加一行： source C:\\Program\ Files\ (x86)\\University\ of\ Illinois\\VMD\\vmd_draw_unitcell.tcl 然后在vmd控制台或这tk控制台即可输入一下命令显示晶胞格子： draw unitcell cell [list a b c alpha beta gamma] 注意：a b c alpha beta gamma需要全部注明。 详细说明请看下面一段英文表述： # cell (vmd|auto|[list ]), default: "vmd" # "vmd" will use the internal values, # "auto" will build an orthogonal unitcell from the result of # 'measure minmax' plus 1 angstrom added in each direction. # else a list of a,b,c,alpha,beta,gamma will be assumed. # origin ([list ]|auto), default: {0.0 0.0 0.0}, "auto" with 'cell auto' # style: (lines|dashed|rod) default: line # width: default: 1.0 # resolution: default: 8 [ Last edited by xianggui7895 on 2010-12-13 at 21:57 ] |
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