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congmingbing

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用VMD怎样显示3D结构的晶胞呢? 已有2人参与

把lammps的dump文件(dump.atom)导入vmd后,可以显示三维晶体结构图,但是没有晶胞,dump文件中已经包含了box boundary,不知道怎样可以在vmd中显示unit cell呢?
谢谢高手指点!!
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490163142

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-07-17 19:03:00
如果你的晶胞是立方体的
在tkconsole中输入
moinfo top set a x
moinfo top set b y
moinfo top set c z
x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃
vmd mian->Graphical Represention->periodic

希望对你有用。
2楼2010-07-17 18:34:18
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congmingbing

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 490163142 at 2010-07-17 18:34:18:
如果你的晶胞是立方体的
在tkconsole中输入
moinfo top set a x
moinfo top set b y
moinfo top set c z
x , y, z 为你晶胞矢量的数值 单位为埃
vmd mian->Graphical Represention->periodic

希望 ...

谢谢回复,命令应该是molinfo,你落下了一个l.不过按照你说的操作了怎么还是没有变化呢。
打开tkconsole后,分别输入每条命令,然后回车吧。
还是没有显示晶胞。我的是立方结构。
3楼2010-07-19 08:40:45
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490163142

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-07-19 10:14:55
congmingbing(金币+2): 2010-07-19 13:28:42
加上
molinfo top set alpha a
molinfo top set beta  b
molinfo top set gamma c
a b c 为三个角 单位为度

如果嫌麻烦
直接用pbc set {x y z a b c} 就行了
我用的是VMD1.8.7
a轴一定得平行于VMD中的x轴,其它的就随便了。
我已开始在做的时候没遇到什么问题,你说的情况我还真不太清楚,你看看这个方法行不,这是师兄告诉我的。
4楼2010-07-19 10:09:14
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congmingbing

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 490163142 at 2010-07-19 10:09:14:
加上
molinfo top set alpha a
molinfo top set beta  b
molinfo top set gamma c
a b c 为三个角 单位为度

如果嫌麻烦
直接用pbc set {x y z a b c} 就行了
我用的是VMD1.8.7
a轴一定得平行于VMD中的x ...

我也是用的vmd1.8.7,结构是通过file--new molecular导入的,导入的是dump.atom文件,vmd display窗口中显示最初的时间步的结构,按照你说的命令试过了,图形显示窗口中怎么没有反应呢,没有任何变化。
我不知道a轴是不是平行于vmd中的x, 这个怎么看呢?
不过我的是fcc结构,a b c都是一样的,应该没有关系吧。
5楼2010-07-19 13:32:43
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490163142

金虫 (小有名气)

是的,你说的没错,我也不太会了现在,对不起。
6楼2010-07-19 16:25:56
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congmingbing

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 490163142 at 2010-07-19 16:25:56:
是的,你说的没错,我也不太会了现在,对不起。

还是非常感谢你的帮助。
7楼2010-07-19 19:23:55
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