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luokei

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】大家好,vmd能看生物分子活性吗

大家好,用namd跑的MD,能用vmd看生物分子活性吗?有没有变性
如果想做这方面的分析,用哪款软件的哪个版块好(=@__@=)哪?
谢谢
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逆水行舟,不进则退
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luokei

铜虫 (小有名气)


zh1987hs(金币+1): 鼓励交流 2010-11-05 21:33:57
引用回帖:
Originally posted by xulinan at 2010-11-05 12:57:45:
VMD直接看变性好像是不可以,通常一个蛋白活性和结构有关,你可以看你所模拟的蛋白关键区域是否变化了,或是看下rmsd值,值越大越不稳定,越容易发生蛋白错误折叠等变化

谢谢。你说的“rmsd值,值越大越不稳定”是指的结构越不稳定?我看的得有关rmsd的结论是rmsd不再变化时,构象稳定。这两个说的结构和构象应该是不一样的吧?
“蛋白关键区域”这个还是第一次听说,回头查查,是不是人们说的活性点啊?
逆水行舟,不进则退
3楼2010-11-05 15:01:15
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xulinan

木虫 (小有名气)

★ ★
luokei(金币+2): 2010-11-05 14:55:56
zh1987hs(金币+2): 2010-11-05 18:47:14
VMD直接看变性好像是不可以,通常一个蛋白活性和结构有关,你可以看你所模拟的蛋白关键区域是否变化了,或是看下rmsd值,值越大越不稳定,越容易发生蛋白错误折叠等变化
2楼2010-11-05 12:57:45
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xulinan

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
luokei(金币+4): 2010-11-05 21:07:50
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-05 21:34:11
rmsd的大小不能单独来说稳定性的,比如你比较一个野生型和一个突变体,整体值大的肯定就没小的稳定。构象稳定指的是单个蛋白模拟过程的rmsd变化情况,整体变化越小,基本在一个水平线上说明稳定了。蛋白的关键区很多时候就是活性点,比如酶的活性中心,大部分蛋白的疏水核心,这些都在蛋白质功能中起重要作用。
4楼2010-11-05 18:57:07
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luokei

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by xulinan at 2010-11-05 18:57:07:
rmsd的大小不能单独来说稳定性的,比如你比较一个野生型和一个突变体,整体值大的肯定就没小的稳定。构象稳定指的是单个蛋白模拟过程的rmsd变化情况,整体变化越小,基本在一个水平线上说明稳定了。蛋白的关键区很 ...

a,今天听了你的这一席话,真是开眼了。原来还有这么多的讲究啊,我还一点也不知道,惭愧。希望高人给指点一下,推荐本这方面的书或资料吧,谢谢。
逆水行舟,不进则退
5楼2010-11-05 21:11:54
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