应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】大家好，vmd能看生物分子活性吗
81/1返回列表
查看: 1519  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

luokei

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】大家好，vmd能看生物分子活性吗

大家好，用namd跑的MD，能用vmd看生物分子活性吗？有没有变性
如果想做这方面的分析，用哪款软件的哪个版块好(=@__@=)哪？
谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
逆水行舟，不进则退
1楼 2010-11-05 10:00:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★
luokei(金币+2): 2010-11-05 14:55:56
zh1987hs(金币+2): 2010-11-05 18:47:14
VMD直接看变性好像是不可以，通常一个蛋白活性和结构有关，你可以看你所模拟的蛋白关键区域是否变化了，或是看下rmsd值，值越大越不稳定，越容易发生蛋白错误折叠等变化
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-11-05 12:57:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luokei

铜虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 鼓励交流 2010-11-05 21:33:57
引用回帖:
Originally posted by xulinan at 2010-11-05 12:57:45:
VMD直接看变性好像是不可以，通常一个蛋白活性和结构有关，你可以看你所模拟的蛋白关键区域是否变化了，或是看下rmsd值，值越大越不稳定，越容易发生蛋白错误折叠等变化

谢谢。你说的“rmsd值，值越大越不稳定”是指的结构越不稳定？我看的得有关rmsd的结论是rmsd不再变化时，构象稳定。这两个说的结构和构象应该是不一样的吧？
“蛋白关键区域”这个还是第一次听说，回头查查，是不是人们说的活性点啊？
赞一下(1人) 回复此楼
逆水行舟，不进则退
3楼2010-11-05 15:01:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
luokei(金币+4): 2010-11-05 21:07:50
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-05 21:34:11
rmsd的大小不能单独来说稳定性的，比如你比较一个野生型和一个突变体，整体值大的肯定就没小的稳定。构象稳定指的是单个蛋白模拟过程的rmsd变化情况，整体变化越小，基本在一个水平线上说明稳定了。蛋白的关键区很多时候就是活性点，比如酶的活性中心，大部分蛋白的疏水核心，这些都在蛋白质功能中起重要作用。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-11-05 18:57:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luokei

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xulinan at 2010-11-05 18:57:07:
rmsd的大小不能单独来说稳定性的，比如你比较一个野生型和一个突变体，整体值大的肯定就没小的稳定。构象稳定指的是单个蛋白模拟过程的rmsd变化情况，整体变化越小，基本在一个水平线上说明稳定了。蛋白的关键区很 ...

a,今天听了你的这一席话，真是开眼了。原来还有这么多的讲究啊，我还一点也不知道，惭愧。希望高人给指点一下，推荐本这方面的书或资料吧，谢谢。
赞一下 回复此楼
逆水行舟，不进则退
5楼2010-11-05 21:11:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-11-06 09:18:02
luokei(金币+2): 2010-11-06 20:06:16
原来有过一本分子模拟的书，很薄还贵，我们实验室买了，大家都说一般，网友评价也不好，所有没什么现成的书推荐你的，抱歉。不过你可以看看文献，一般分析思路都是文献里复制的，哈哈，你可以根据你研究的内容查查相关的文献
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-11-06 09:07:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

britney137803

至尊木虫 (著名写手)
谢谢楼上，也明白了一些东西，原来是这样的啊
赞一下 回复此楼
7楼2010-11-09 09:53:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaogao2013

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问，用vmd怎么看疏水和亲水基团，我看手册上的在TK控制台输入命令，但总是报错，望高手指点一二，还有模拟之后的肽链和初始链怎样放在一起拟合显示？
赞一下 回复此楼
fighting
8楼2013-04-01 17:02:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 luokei 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 18:01 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:49 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:25 by Aj1rhIDL5ixY
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 16:25 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:12 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:00 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:37 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:13 by Aj1rhIDL5ixY
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 15:09 by Aj1rhIDL5ixY
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:00 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 10:11 by 23jxep3nCNZb
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
[教师之家] 浙江师范大学是怎么坑我的 +10 recruit123 2026-09-09 15/750 2026-09-13 10:45 by seaskyy
[基金申请] 面上有专家说实验设备不是我们单位的 +6 zj_muchong 2026-09-08 8/400 2026-09-11 06:56 by suifengdao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭