| 查看: 2352 | 回复: 8 | ||||
[求助]
VMD不显示小分子
|
| 我用Gromacs跑完动力学之后，想看一下小分子的作用位点，但是用VMD导入之后为什么没有小分子的结构，只有蛋白的........哪位高手指点一下......... |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理相关文档 |
» 猜你喜欢
求个博导看看
已经有16人回复
-
想换工作。大多数高校都是 评职称时 认可5年内在原单位取得的成果吗？
已经有8人回复
-
上海工程技术大学张培磊教授团队招收博士生
已经有4人回复
-
上海工程技术大学【激光智能制造】课题组招收硕士
已经有5人回复
-
求助院士们，这个如何合成呀
已经有4人回复
-
临港实验室与上科大联培博士招生1名
已经有9人回复
-
需要合成515-64-0，50g，能接单的留言
已经有4人回复
-
自荐读博
已经有4人回复
-
写了一篇“相变储能技术在冷库中应用”的论文，论文内容以实验为主，投什么期刊合适？
已经有6人回复
-
带资进组求博导收留
已经有10人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于VMD可视化的问题
已经有5人回复
- 想问一下：用什么软件可以做小分子在蛋白结构中的运动视频？
已经有6人回复
- 【原创】在gromacs的gro中插入小分子
已经有12人回复
- 【原创】VMD如何显示晶胞格子
已经有13人回复
- 【求助】大家好，vmd能看生物分子活性吗
已经有7人回复
- 【求助】有没有用DS软件做细胞膜的模拟的？
已经有7人回复
- 【求助】用VMD怎样显示3D结构的晶胞呢？
已经有6人回复
- 【求助】VMD中如何画分子
已经有7人回复
Tanya_snail
木虫 (小有名气)
- 应助: 25 (小学生)
- 金币: 3386.2
- 红花: 3
- 帖子: 298
- 在线: 333.3小时
- 虫号: 1656666
- 注册: 2012-03-01
- 性别: MM
- 专业: 金属材料的微观结构
2楼2012-05-29 23:26:39
3楼2012-05-30 08:31:38
caixin5120 
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 46 (小学生)
- 金币: 5.9
- 散金: 100
- 红花: 3
- 帖子: 483
- 在线: 158.3小时
- 虫号: 576460
- 注册: 2008-06-20
- 专业: 药物化学
4楼2012-05-30 09:57:18
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
蓝紫色玻璃心: 金币+5 2012-05-30 10:34:17
感谢参与，应助指数 +1
蓝紫色玻璃心: 金币+5 2012-05-30 10:34:17
|
你可以在VMD 中不同的分子用不同的显示方式，下面是我做模拟，用VMD 做漂亮显示的一段脚本，你可以参考，把这一段看懂了，你自己就会调节了 mol delrep 0 top display Orthographic color Display Background white color Resname TIP3 green #color Resname POT yellow #color Resname CLA blue color Resname GRA cyan color Resname ADE blue color Resname THY red mol representation VDW 1.5 23 mol color ResName mol selection {resname TIP3} mol addrep top mol representation VDW 1.5 23 mol color Name mol selection {resname POT CLA} mol addrep top mol representation Licorice 0.3 60 60 mol color ResName mol selection {resname GRA} mol addrep top mol representation NewCartoon mol color ResName mol selection {resname ADE THY} mol addrep top |
5楼2012-05-30 10:15:47
visualization
金虫 (小有名气)
- 应助: 23 (小学生)
- 金币: 3114.4
- 散金: 678
- 帖子: 196
- 在线: 352.8小时
- 虫号: 494396
- 注册: 2008-01-13
- 专业: 理论和计算化学
6楼2012-05-30 10:27:59
7楼2012-05-30 10:33:32
8楼2012-05-30 10:34:12
9楼2012-05-30 10:34:38