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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 周期性边界造成的RMSD异常值
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fearless_

木虫 (正式写手)

[求助] 周期性边界造成的RMSD异常值

跑完动力学之后，分析模拟过程的RMSD值时，发现有些时刻RMSD突然地变大，可能是由于设置边界周期性条件后造成，请问那些点怎样才能恢复成真实的值？
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1楼 2012-01-09 08:46:20
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 2012-01-11 19:43:35
计算RMSD的时候，也要加周期性边界条件。如果加周期性边界条件，就不应该会很大，除非你的系统已经发散了。
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fearless_
壁立万仞，无欲则刚
2楼2012-01-09 09:28:21
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fearless_

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-09 09:28:21:
计算RMSD的时候，也要加周期性边界条件。如果加周期性边界条件，就不应该会很大，除非你的系统已经发散了。

我们研究的是配基与蛋白的相互作用，蛋白骨架是固定的，观察配基的作用情况，因为在模拟中配基已经脱离蛋白，所以可能会跑出边界，造成RMSD的剧烈波动，请问下有没有换算公式，使RMSD变为原来的真实值？
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3楼2012-01-10 09:35:24
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2012-01-11 19:43:46
引用回帖:
3楼: Originally posted by fearless_ at 2012-01-10 09:35:24:
我们研究的是配基与蛋白的相互作用，蛋白骨架是固定的，观察配基的作用情况，因为在模拟中配基已经脱离蛋白，所以可能会跑出边界，造成RMSD的剧烈波动，请问下有没有换算公式，使RMSD变为原来的真实值？

如果添加周期性边界条件，就不存在跑出边界，因为从一边出去的同时就从另一端进来。我建议你看看每个原子坐标，是不是已经跑出周期性盒子了，如果是的话，那就是发散了，好好检查一下力场是不是正确
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壁立万仞，无欲则刚
4楼2012-01-10 10:16:44
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fearless_

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-10 10:16:44:
如果添加周期性边界条件，就不存在跑出边界，因为从一边出去的同时就从另一端进来。我建议你看看每个原子坐标，是不是已经跑出周期性盒子了，如果是的话，那就是发散了，好好检查一下力场是不是正确

可能是我没说清楚吧，你说的没错，它从另一端进来了，然后又可能回去，这时候RMSD值会出现突变，我想知道有没有方法消除这种突变？
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5楼2012-01-10 21:09:09
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-01-11 19:43:54
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5楼: Originally posted by fearless_ at 2012-01-10 21:09:09:
可能是我没说清楚吧，你说的没错，它从另一端进来了，然后又可能回去，这时候RMSD值会出现突变，我想知道有没有方法消除这种突变？

怎么会突变呢，算RMSD的时候也用周期性边界条件，把跑出去的原子拉回来
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壁立万仞，无欲则刚
6楼2012-01-11 08:55:14
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fearless_

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-11 08:55:14:
怎么会突变呢，算RMSD的时候也用周期性边界条件，把跑出去的原子拉回来

我是用VMD中RMSD trajectory tool算的，如果配基跑到另外一端的话，它算RMSD估计就按那边的原子坐标算的
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7楼2012-01-11 09:10:11
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chaizhm

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fearless_ at 2012-01-11 09:10:11:
我是用VMD中RMSD trajectory tool算的，如果配基跑到另外一端的话，它算RMSD估计就按那边的原子坐标算的

应该是先用周期性边界条件把跑出去的原子坐标变回来
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壁立万仞，无欲则刚
8楼2012-01-12 14:06:56
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fearless_

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-12 14:06:56:
应该是先用周期性边界条件把跑出去的原子坐标变回来

是的，构象太多，一个一个分析不太现实，不知道有没有什么方便的软件
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9楼2012-01-12 20:03:59
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chaizhm

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fearless_ at 2012-01-12 20:03:59:
是的，构象太多，一个一个分析不太现实，不知道有没有什么方便的软件

我建议你把原子坐标写一个数据文件导出来，自己写程序处理，不会很麻烦的
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fearless_
壁立万仞，无欲则刚
10楼2012-01-13 11:08:57
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