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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 周期性边界造成的RMSD异常值
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fearless_

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-13 11:08:57:
我建议你把原子坐标写一个数据文件导出来，自己写程序处理，不会很麻烦的

恩，也是一个方法，多谢了
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11楼2012-01-14 09:30:10
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逗比装傲娇

新虫 (初入文坛)
请问解决了吗
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12楼2018-01-12 10:11:54
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jl9605

新虫 (初入文坛)
我是用NAMD得到的.dcd文件，然后我用VMD自带的RMSD Trajectories Tool得到的rmsd遇到了和你一样的问题，我发现是因为我的dcd是wrap的，现在已经用unwrap解决了。
首先需要在vmd导入你的.psf和.dcd文件，然后打开tk console, 输入这两行命令来unwrap并且把unwrap的dcd保存起来：
pbc unwrap -all
animate write dcd unwrapped.dcd beg 0 end -1 waitfor all
然后重新在vmd导入.psf和unwrapped.dcd，打开RMSD Trajectories Tool，得到的rmsd就是没有很大跳跃的了。
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13楼2019-11-21 20:06:52
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