24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2574  |  回复: 12

fearless_

木虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by chaizhm at 2012-01-13 11:08:57:
我建议你把原子坐标写一个数据文件导出来,自己写程序处理,不会很麻烦的

恩,也是一个方法,多谢了
11楼2012-01-14 09:30:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

逗比装傲娇

新虫 (初入文坛)

请问解决了吗
12楼2018-01-12 10:11:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jl9605

新虫 (初入文坛)

我是用NAMD得到的.dcd文件,然后我用VMD自带的RMSD Trajectories Tool得到的rmsd遇到了和你一样的问题,我发现是因为我的dcd是wrap的,现在已经用unwrap解决了。
首先需要在vmd导入你的.psf和.dcd文件,然后打开tk console, 输入这两行命令来unwrap并且把unwrap的dcd保存起来:
pbc unwrap -all
animate write dcd unwrapped.dcd beg 0 end -1 waitfor all
然后重新在vmd导入.psf和unwrapped.dcd,打开RMSD Trajectories Tool,得到的rmsd就是没有很大跳跃的了。
13楼2019-11-21 20:06:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fearless_ 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂 348分 +7 唉我超真没招了 2026-04-06 7/350 2026-04-06 19:50 by lijunpoly
[考研] 0703调剂,一志愿天津大学319分 +16 haaaabcd 2026-04-05 17/850 2026-04-06 19:25 by 尚水阁主
[考研] 求调剂 +5 wos666 2026-04-03 5/250 2026-04-06 10:13 by 蓝云思雨
[考研] 0703求调剂383分 +9 W55j 2026-04-03 9/450 2026-04-06 06:50 by houyaoxu
[考研] 材料工程302分求调剂 +9 zyx上岸! 2026-04-04 9/450 2026-04-05 22:08 by 醉翁wl
[考研] 0860 求调剂 一志愿国科大 348 分 +3 WiiiP 2026-04-03 3/150 2026-04-05 17:43 by Ecowxq666!
[考研] 298分 070300求调剂 +15 zwen03 2026-04-02 15/750 2026-04-05 12:52 by Hdyxbekcb
[考研] 材料专硕322分 +11 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-02 11/550 2026-04-04 23:37 by 永字号
[考研] 一志愿武理材料工程302调剂环化或化工 +19 Doleres 2026-03-31 20/1000 2026-04-04 16:44 by 啊俊!
[考研] 309求调剂 +4 快乐的小白鸽 2026-04-04 5/250 2026-04-04 15:55 by cql1109
[考研] 调剂0855-288 +5 x熊二a 2026-04-03 5/250 2026-04-04 00:19 by 猪会飞
[考研] 考研求调剂 +3 木心想继续深造 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:56 by 啵啵啵0119
[考研] 五邑大学土木工程招调剂生2026 +3 wyutj 2026-03-31 4/200 2026-04-03 18:21 by zengxj_7201
[考研] 一志愿北京科技材料科学与工程288分,求调剂 +14 是辰啊 2026-04-02 14/700 2026-04-02 21:10 by dongzh2009
[考研] 学硕化学工程与技术,一志愿中国海洋大学320+求调剂 +8 披星河 2026-04-02 8/400 2026-04-02 14:12 by oooqiao
[考研] 266分,一志愿电气工程,本科材料,求材料专业调剂 +10 哇呼哼呼哼 2026-04-01 11/550 2026-04-02 11:31 by lnilvy
[考研] 求调剂,一志愿南京师范大学计算机专硕,初试373,六级通过, +3 计算机追梦人 2026-04-01 3/150 2026-04-02 07:57 by fxue1114
[考研] 08工科275求调剂,可跨考。 +5 AaAa7420 2026-03-31 5/250 2026-04-01 15:21 by 159357hjz
[考研] 求0861交通运输专硕or材料专硕调剂 +4 勒布朗@ 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:54 by 一只好果子?
[考研] 一志愿浙江大学工科动力工程370,数一121,专业课135,现在能去哪里 +3 080700调剂 2026-03-30 4/200 2026-03-31 12:00 by KLMY666
信息提示
请填处理意见