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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 周期性边界造成的RMSD异常值
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fearless_

木虫 (正式写手)

[求助] 周期性边界造成的RMSD异常值

跑完动力学之后，分析模拟过程的RMSD值时，发现有些时刻RMSD突然地变大，可能是由于设置边界周期性条件后造成，请问那些点怎样才能恢复成真实的值？
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1楼 2012-01-09 08:46:20
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jl9605

新虫 (初入文坛)
我是用NAMD得到的.dcd文件，然后我用VMD自带的RMSD Trajectories Tool得到的rmsd遇到了和你一样的问题，我发现是因为我的dcd是wrap的，现在已经用unwrap解决了。
首先需要在vmd导入你的.psf和.dcd文件，然后打开tk console, 输入这两行命令来unwrap并且把unwrap的dcd保存起来：
pbc unwrap -all
animate write dcd unwrapped.dcd beg 0 end -1 waitfor all
然后重新在vmd导入.psf和unwrapped.dcd，打开RMSD Trajectories Tool，得到的rmsd就是没有很大跳跃的了。
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13楼2019-11-21 20:06:52
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 2012-01-11 19:43:35
计算RMSD的时候，也要加周期性边界条件。如果加周期性边界条件，就不应该会很大，除非你的系统已经发散了。
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fearless_
壁立万仞，无欲则刚
2楼2012-01-09 09:28:21
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fearless_

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-09 09:28:21:
计算RMSD的时候，也要加周期性边界条件。如果加周期性边界条件，就不应该会很大，除非你的系统已经发散了。

我们研究的是配基与蛋白的相互作用，蛋白骨架是固定的，观察配基的作用情况，因为在模拟中配基已经脱离蛋白，所以可能会跑出边界，造成RMSD的剧烈波动，请问下有没有换算公式，使RMSD变为原来的真实值？
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3楼2012-01-10 09:35:24
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2012-01-11 19:43:46
引用回帖:
3楼: Originally posted by fearless_ at 2012-01-10 09:35:24:
我们研究的是配基与蛋白的相互作用，蛋白骨架是固定的，观察配基的作用情况，因为在模拟中配基已经脱离蛋白，所以可能会跑出边界，造成RMSD的剧烈波动，请问下有没有换算公式，使RMSD变为原来的真实值？

如果添加周期性边界条件，就不存在跑出边界，因为从一边出去的同时就从另一端进来。我建议你看看每个原子坐标，是不是已经跑出周期性盒子了，如果是的话，那就是发散了，好好检查一下力场是不是正确
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壁立万仞，无欲则刚
4楼2012-01-10 10:16:44
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