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fearless_木虫 (正式写手)
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周期性边界造成的RMSD异常值
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| 跑完动力学之后，分析模拟过程的RMSD值时，发现有些时刻RMSD突然地变大，可能是由于设置边界周期性条件后造成，请问那些点怎样才能恢复成真实的值？ |
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我是用NAMD得到的.dcd文件，然后我用VMD自带的RMSD Trajectories Tool得到的rmsd遇到了和你一样的问题，我发现是因为我的dcd是wrap的，现在已经用unwrap解决了。 首先需要在vmd导入你的.psf和.dcd文件，然后打开tk console, 输入这两行命令来unwrap并且把unwrap的dcd保存起来： pbc unwrap -all animate write dcd unwrapped.dcd beg 0 end -1 waitfor all 然后重新在vmd导入.psf和unwrapped.dcd，打开RMSD Trajectories Tool，得到的rmsd就是没有很大跳跃的了。 |
13楼2019-11-21 20:06:52
chaizhm
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fearless_
2楼2012-01-09 09:28:21
fearless_
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3楼2012-01-10 09:35:24
chaizhm
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4楼2012-01-10 10:16:44