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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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fearless_

木虫 (正式写手)

[求助] 周期性边界造成的RMSD异常值

跑完动力学之后,分析模拟过程的RMSD值时,发现有些时刻RMSD突然地变大,可能是由于设置边界周期性条件后造成,请问那些点怎样才能恢复成真实的值?
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fearless_

木虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by chaizhm at 2012-01-09 09:28:21:
计算RMSD的时候,也要加周期性边界条件。如果加周期性边界条件,就不应该会很大,除非你的系统已经发散了。

我们研究的是配基与蛋白的相互作用,蛋白骨架是固定的,观察配基的作用情况,因为在模拟中配基已经脱离蛋白,所以可能会跑出边界,造成RMSD的剧烈波动,请问下有没有换算公式,使RMSD变为原来的真实值?
3楼2012-01-10 09:35:24
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chaizhm

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 2012-01-11 19:43:35
计算RMSD的时候,也要加周期性边界条件。如果加周期性边界条件,就不应该会很大,除非你的系统已经发散了。

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壁立万仞,无欲则刚
2楼2012-01-09 09:28:21
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chaizhm

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2012-01-11 19:43:46
引用回帖:
3楼: Originally posted by fearless_ at 2012-01-10 09:35:24:
我们研究的是配基与蛋白的相互作用,蛋白骨架是固定的,观察配基的作用情况,因为在模拟中配基已经脱离蛋白,所以可能会跑出边界,造成RMSD的剧烈波动,请问下有没有换算公式,使RMSD变为原来的真实值?

如果添加周期性边界条件,就不存在跑出边界,因为从一边出去的同时就从另一端进来。我建议你看看每个原子坐标,是不是已经跑出周期性盒子了,如果是的话,那就是发散了,好好检查一下力场是不是正确
壁立万仞,无欲则刚
4楼2012-01-10 10:16:44
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fearless_

木虫 (正式写手)

引用回帖:
: Originally posted by chaizhm at 2012-01-10 10:16:44:
如果添加周期性边界条件,就不存在跑出边界,因为从一边出去的同时就从另一端进来。我建议你看看每个原子坐标,是不是已经跑出周期性盒子了,如果是的话,那就是发散了,好好检查一下力场是不是正确

可能是我没说清楚吧,你说的没错,它从另一端进来了,然后又可能回去,这时候RMSD值会出现突变,我想知道有没有方法消除这种突变?
5楼2012-01-10 21:09:09
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