[求助] 周期性边界造成的RMSD异常值

楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-09 09:28:21:
计算RMSD的时候，也要加周期性边界条件。如果加周期性边界条件，就不应该会很大，除非你的系统已经发散了。

3楼: Originally posted by fearless_ at 2012-01-10 09:35:24:
我们研究的是配基与蛋白的相互作用，蛋白骨架是固定的，观察配基的作用情况，因为在模拟中配基已经脱离蛋白，所以可能会跑出边界，造成RMSD的剧烈波动，请问下有没有换算公式，使RMSD变为原来的真实值？

楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-10 10:16:44:
如果添加周期性边界条件，就不存在跑出边界，因为从一边出去的同时就从另一端进来。我建议你看看每个原子坐标，是不是已经跑出周期性盒子了，如果是的话，那就是发散了，好好检查一下力场是不是正确

5楼: Originally posted by fearless_ at 2012-01-10 21:09:09:
可能是我没说清楚吧，你说的没错，它从另一端进来了，然后又可能回去，这时候RMSD值会出现突变，我想知道有没有方法消除这种突变？

楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-11 08:55:14:
怎么会突变呢，算RMSD的时候也用周期性边界条件，把跑出去的原子拉回来

7楼: Originally posted by fearless_ at 2012-01-11 09:10:11:
我是用VMD中RMSD trajectory tool算的，如果配基跑到另外一端的话，它算RMSD估计就按那边的原子坐标算的

楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-12 14:06:56:
应该是先用周期性边界条件把跑出去的原子坐标变回来

9楼: Originally posted by fearless_ at 2012-01-12 20:03:59:
是的，构象太多，一个一个分析不太现实，不知道有没有什么方便的软件