应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 周期性边界造成的RMSD异常值
51/1返回列表
查看: 2934  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

fearless_

木虫 (正式写手)

[求助] 周期性边界造成的RMSD异常值

跑完动力学之后，分析模拟过程的RMSD值时，发现有些时刻RMSD突然地变大，可能是由于设置边界周期性条件后造成，请问那些点怎样才能恢复成真实的值？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-01-09 08:46:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fearless_

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-11 08:55:14:
怎么会突变呢，算RMSD的时候也用周期性边界条件，把跑出去的原子拉回来

我是用VMD中RMSD trajectory tool算的，如果配基跑到另外一端的话，它算RMSD估计就按那边的原子坐标算的
赞一下 回复此楼
7楼2012-01-11 09:10:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 2012-01-11 19:43:35
计算RMSD的时候，也要加周期性边界条件。如果加周期性边界条件，就不应该会很大，除非你的系统已经发散了。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

fearless_
壁立万仞，无欲则刚
2楼2012-01-09 09:28:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fearless_

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-09 09:28:21:
计算RMSD的时候，也要加周期性边界条件。如果加周期性边界条件，就不应该会很大，除非你的系统已经发散了。

我们研究的是配基与蛋白的相互作用，蛋白骨架是固定的，观察配基的作用情况，因为在模拟中配基已经脱离蛋白，所以可能会跑出边界，造成RMSD的剧烈波动，请问下有没有换算公式，使RMSD变为原来的真实值？
赞一下 回复此楼
3楼2012-01-10 09:35:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2012-01-11 19:43:46
引用回帖:
3楼: Originally posted by fearless_ at 2012-01-10 09:35:24:
我们研究的是配基与蛋白的相互作用，蛋白骨架是固定的，观察配基的作用情况，因为在模拟中配基已经脱离蛋白，所以可能会跑出边界，造成RMSD的剧烈波动，请问下有没有换算公式，使RMSD变为原来的真实值？

如果添加周期性边界条件，就不存在跑出边界，因为从一边出去的同时就从另一端进来。我建议你看看每个原子坐标，是不是已经跑出周期性盒子了，如果是的话，那就是发散了，好好检查一下力场是不是正确
赞一下(1人) 回复此楼
壁立万仞，无欲则刚
4楼2012-01-10 10:16:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭