应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 周期性边界造成的RMSD异常值
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2561  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

fearless_

木虫 (正式写手)

[求助] 周期性边界造成的RMSD异常值

跑完动力学之后，分析模拟过程的RMSD值时，发现有些时刻RMSD突然地变大，可能是由于设置边界周期性条件后造成，请问那些点怎样才能恢复成真实的值？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-01-09 08:46:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fearless_

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-12 14:06:56:
应该是先用周期性边界条件把跑出去的原子坐标变回来

是的，构象太多，一个一个分析不太现实，不知道有没有什么方便的软件
赞一下 回复此楼
9楼2012-01-12 20:03:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 2012-01-11 19:43:35
计算RMSD的时候，也要加周期性边界条件。如果加周期性边界条件，就不应该会很大，除非你的系统已经发散了。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

fearless_
壁立万仞，无欲则刚
2楼2012-01-09 09:28:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fearless_

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by chaizhm at 2012-01-09 09:28:21:
计算RMSD的时候，也要加周期性边界条件。如果加周期性边界条件，就不应该会很大，除非你的系统已经发散了。

我们研究的是配基与蛋白的相互作用，蛋白骨架是固定的，观察配基的作用情况，因为在模拟中配基已经脱离蛋白，所以可能会跑出边界，造成RMSD的剧烈波动，请问下有没有换算公式，使RMSD变为原来的真实值？
赞一下 回复此楼
3楼2012-01-10 09:35:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2012-01-11 19:43:46
引用回帖:
3楼: Originally posted by fearless_ at 2012-01-10 09:35:24:
我们研究的是配基与蛋白的相互作用，蛋白骨架是固定的，观察配基的作用情况，因为在模拟中配基已经脱离蛋白，所以可能会跑出边界，造成RMSD的剧烈波动，请问下有没有换算公式，使RMSD变为原来的真实值？

如果添加周期性边界条件，就不存在跑出边界，因为从一边出去的同时就从另一端进来。我建议你看看每个原子坐标，是不是已经跑出周期性盒子了，如果是的话，那就是发散了，好好检查一下力场是不是正确
赞一下(1人) 回复此楼
壁立万仞，无欲则刚
4楼2012-01-10 10:16:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-02 5/250 2026-04-02 22:54 by pphmily
[考研] 化学070300-总分378-求调剂 +5 挪椅子的泡泡糖 2026-04-02 5/250 2026-04-02 22:20 by ZXlzxl0425
[考研] 工科 267求调剂 +3 wanwan00 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:42 by wanwan00
[考研] 326分求调剂 +3 于是乎呢 2026-04-01 3/150 2026-04-02 21:30 by jing_jenna
[考研] 085602 找调剂 +3 逆时针快乐 2026-04-02 3/150 2026-04-02 21:23 by dongzh2009
[考研] 260求调剂 +6 朱芷琳 2026-04-02 6/300 2026-04-02 20:27 by 6781022
[考研] 材料0856 英一数二 323 求调剂 +10 袁sy 2026-04-01 10/500 2026-04-02 19:52 by xingsh
[考研] 求调剂求调剂 +7 121. 2026-04-02 7/350 2026-04-02 19:15 by dick_runner
[考研] 264分，求任意工科调剂 +4 zzlqwq 2026-03-29 5/250 2026-04-02 17:17 by 何曾几何
[考研] 26考研调剂 +4 Wnz.20030617 2026-04-01 5/250 2026-04-02 16:11 by 1939136013狗壮
[考研] 085600，材料与化工321分求调剂 +11 大馋小子 2026-03-28 11/550 2026-04-02 15:59 by yunlongyang
[考研] 311求调剂 +9 勇敢的小吴 2026-04-02 9/450 2026-04-02 11:37 by Sammy2
[考研] 一志愿安徽大学计算机科学与技术学硕，331分求调剂 +5 蒋昌鹏qtj 2026-04-01 5/250 2026-04-02 08:10 by fxue1114
[考研] 379求调剂 +3 ?苦瓜不苦 2026-04-01 3/150 2026-04-01 20:09 by 暮云清寒
[考研] 一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕 +7 @taotao 2026-03-30 7/350 2026-04-01 14:30 by chenqifeng666
[考研] 311求调剂一志愿合肥工业大学 +14 秋二十二 2026-03-30 14/700 2026-04-01 11:45 by chemdavid
[考研] 279求调剂 +12 j的立方 2026-03-29 12/600 2026-03-30 20:30 by dick_runner
[考研] 298求调剂 +4 种圣赐 2026-03-28 4/200 2026-03-29 08:42 by q1092522407
[考研] 283求调剂 +3 A child 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:41 by ms629
[考研] 298调剂 +3 jiyingjie123 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:57 by wxiongid
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭