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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)

[交流] VMD由于周期性边界造成的显示问题 已有3人参与

VMD由于周期性边界造成的显示问题
如图，VMD读取LAMMPS的DUMP文件，上面的分子跑到下面，键会连起来显得非常混乱，请问如何解决呢？
谢谢
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花先森

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1楼 2014-10-28 12:28:35
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飞利白

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
drawing method修改一下应该就可以，比如用dynamic bond
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2楼2014-10-29 08:38:26
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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 飞利白 at 2014-10-29 08:38:26
drawing method修改一下应该就可以，比如用dynamic bond

是的，非常感谢！
另外想请教下vmd的计算径向分布函数g(r)其中一些参数设置不清楚，
selection什么的，能解释下么，网上教程都查不到讲解rdf的
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3楼2014-10-29 10:37:48
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飞利白

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by Luv_XiaoMian at 2014-10-29 10:37:48
是的，非常感谢！
另外想请教下vmd的计算径向分布函数g(r)其中一些参数设置不清楚，
selection什么的，能解释下么，网上教程都查不到讲解rdf的...

用VMD计算径向分布函数g(r)，我只是用来看构型图，对VMD其实不是很熟悉，径向分布函数g(r)一般都是用其他的程序做的
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4楼2014-10-30 08:49:29
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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飞利白 at 2014-10-30 08:49:29
用VMD计算径向分布函数g(r)，我只是用来看构型图，对VMD其实不是很熟悉，径向分布函数g(r)一般都是用其他的程序做的...

哦好的，谢谢了
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5楼2014-10-30 11:06:57
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佳佳988

金虫 (小有名气)
★
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如果你知道晶胞参数，x/y/z/alpha/beta/gamma，可以借助VMD内置的pbctool工具箱，设置其边界。
可直接在vmd控制台或者Tk控制台（Main menu->Extensions->Tk Console）中输入以下命令：
pbc set {a b c alpha beta gamma} -all
pbc -unwrap
可以将此晶胞内原子脱除周期性
pbc box -on
可显示晶胞边界
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6楼2014-10-31 00:14:24
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花先森

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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你好！楼主，请问曾经的这个问题你得到解决了吗，我现在也遇到这样的情况了，求解答，谢谢了！！！
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7楼2019-01-07 16:50:36
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