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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助，关于Gromacs生成的水盒子中加小分子。
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lyisacat

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助，关于Gromacs生成的水盒子中加小分子。已有1人参与

初来乍到金币数有限，见谅。。。

LZ在PRODRG网站上生成了一个甲酸分子的itp和gro文件。LZ之前用genbox生成了一个水盒子，现在想把这个甲酸分子加到水盒子的壁面上，不知应如何加？并且如果我在仿真中想固定这些甲酸分子在壁面上应该如何处理呢？

我把第一步水盒子生成后得到的gro中加入甲酸分子的gro 然后报错说无法识别集团DRG 和对应的原子。请问应该怎么设置呢？已经得到的甲酸分子的itp又该怎么用呢？

抱歉我金币太少了，我有金币后会再报偿给大家，问题比较菜。。。希望大神帮助一下小弱我。我是初入这行，还望师兄们指点，万分感谢！

PRODRG COORDS
    4
    1DRG  OAA      1   0.053   0.289   0.004
    1DRG  CAC      2   0.100   0.173   0.005
    1DRG  OAB      3   0.034   0.067   0.003
    1DRG  HAC      4   0.209   0.164   0.008
   0.37200   0.37200   0.37200

这是甲酸分子的gro文件

[ moleculetype ]
; Name nrexcl
DRG      3

[ atoms ]
;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass
     1        OM     1  DRG     OAA     1   -0.237  15.9994   
     2         C     1  DRG     CAC     1    0.473  13.0190   
     3        OM     1  DRG     OAB     1   -0.236  15.9994   

[ bonds ]
; ai  aj  fu    c0, c1, ...
   2   1   2    0.125  13400000.0    0.125  13400000.0 ;   CAC  OAA   
   2   3   2    0.125  13400000.0    0.125  13400000.0 ;   CAC  OAB   

[ pairs ]
; ai  aj  fu    c0, c1, ...

[ angles ]
; ai  aj  ak  fu    c0, c1, ...
   1   2   3   2    126.0       770.0    126.0       770.0 ;   OAA  CAC  OAB   

[ dihedrals ]
; ai  aj  ak  al  fu    c0, c1, m, ...

这是PRODRG上复制下来的itp文件

MD of 1 NA+
   94
    1NA      NA    1   0.500   0.500   0.500
    2SOL     OW    2   0.135   0.703   0.717
    2SOL    HW1    3   0.192   0.781   0.692
    2SOL    HW2    4   0.075   0.729   0.793
    3SOL     OW    5   0.685   0.012   0.665
    3SOL    HW1    6   0.754  -0.004   0.735
    3SOL    HW2    7   0.612   0.069   0.703
    4SOL     OW    8   0.606   0.964   0.123
    4SOL    HW1    9   0.613   1.048   0.069
    4SOL    HW2   10   0.652   0.977   0.211
    5SOL     OW   11   0.598   0.729   0.270
    5SOL    HW1   12   0.622   0.798   0.202
    5SOL    HW2   13   0.520   0.762   0.324
    6SOL     OW   14   0.991   0.410   0.242
    6SOL    HW1   15   0.914   0.444   0.296
    6SOL    HW2   16   0.957   0.359   0.163
    7SOL     OW   17   0.041   0.701   0.429
    7SOL    HW1   18   0.067   0.697   0.525
    7SOL    HW2   19  -0.044   0.650   0.415
    8SOL     OW   20   0.550   0.196   0.885
    8SOL    HW1   21   0.545   0.191   0.985
    8SOL    HW2   22   0.552   0.292   0.856
    9SOL     OW   23   0.922   0.503   0.899
    9SOL    HW1   24   0.897   0.494   0.803
    9SOL    HW2   25   0.970   0.421   0.930
   10SOL     OW   26   0.539   0.064   0.512
   10SOL    HW1   27   0.458   0.065   0.570
   10SOL    HW2   28   0.542   0.147   0.457
   11SOL     OW   29   0.561   0.222   0.147
   11SOL    HW1   30   0.599   0.138   0.184
   11SOL    HW2   31   0.473   0.241   0.191
   12SOL     OW   32   0.705   0.050   0.368
   12SOL    HW1   33   0.691   0.057   0.467
   12SOL    HW2   34   0.789  -0.001   0.350
   13SOL     OW   35   0.566   0.537   0.865
   13SOL    HW1   36   0.578   0.603   0.791
   13SOL    HW2   37   0.612   0.571   0.948
   14SOL     OW   38   0.209   0.525   0.275
   14SOL    HW1   39   0.222   0.441   0.329
   14SOL    HW2   40   0.180   0.599   0.335
   15SOL     OW   41   0.732   0.634   0.064
   15SOL    HW1   42   0.791   0.608  -0.012
   15SOL    HW2   43   0.704   0.730   0.053
   16SOL     OW   44   0.307   0.063   0.618
   16SOL    HW1   45   0.296   0.157   0.651
   16SOL    HW2   46   0.302   0.000   0.695
   17SOL     OW   47   0.023   0.766   0.966
   17SOL    HW1   48   0.038   0.787   1.062
   17SOL    HW2   49  -0.007   0.671   0.957
   18SOL     OW   50   0.319   0.810   0.949
   18SOL    HW1   51   0.412   0.846   0.954
   18SOL    HW2   52   0.313   0.725   1.001
   19SOL     OW   53   0.339   0.509   0.006
   19SOL    HW1   54   0.287   0.426  -0.011
   19SOL    HW2   55   0.416   0.514  -0.058
   20SOL     OW   56   0.815   0.572   0.325
   20SOL    HW1   57   0.822   0.483   0.279
   20SOL    HW2   58   0.721   0.606   0.317
   21SOL     OW   59   0.473   0.500   0.191
   21SOL    HW1   60   0.534   0.580   0.195
   21SOL    HW2   61   0.378   0.531   0.198
   22SOL     OW   62   0.302   0.855   0.309
   22SOL    HW1   63   0.216   0.824   0.351
   22SOL    HW2   64   0.298   0.841   0.210
   23SOL     OW   65   0.083   0.258   0.022
   23SOL    HW1   66   0.078   0.257   0.122
   23SOL    HW2   67   0.000   0.217  -0.016
   24SOL     OW   68   0.903   0.086   0.133
   24SOL    HW1   69   0.954   0.087   0.047
   24SOL    HW2   70   0.959   0.044   0.204
   25SOL     OW   71   0.263   0.326   0.720
   25SOL    HW1   72   0.184   0.377   0.686
   25SOL    HW2   73   0.254   0.311   0.818
   26SOL     OW   74   0.916   0.910   0.291
   26SOL    HW1   75   0.979   0.948   0.223
   26SOL    HW2   76   0.956   0.827   0.330
   27SOL     OW   77   0.072   0.166   0.318
   27SOL    HW1   78   0.055   0.249   0.264
   27SOL    HW2   79   0.162   0.129   0.296
   28SOL     OW   80   0.225   0.325   0.449
   28SOL    HW1   81   0.290   0.251   0.438
   28SOL    HW2   82   0.245   0.375   0.533
   29SOL     OW   83   0.594   0.745   0.652
   29SOL    HW1   84   0.644   0.830   0.633
   29SOL    HW2   85   0.506   0.747   0.604
   30SOL     OW   86   0.859   0.956   0.861
   30SOL    HW1   87   0.913   0.887   0.909
   30SOL    HW2   88   0.827   1.025   0.927
   31SOL     OW   89   0.083   0.984   0.087
   31SOL    HW1   90   0.060   1.037   0.005
   31SOL    HW2   91   0.164   0.928   0.068
   32SOL     OW   92   0.079   0.240   0.653
   32SOL    HW1   93   0.078   0.193   0.741
   32SOL    HW2   94   0.161   0.212   0.602
   1.00000   1.00000   1.00000

这是1nm^3的水盒子 中心有一个Na+离子
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1楼2014-05-19 14:57:27
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lyisacat: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-19 15:59:53
1.这样直接加到水盒子不是很合适，有可能会发生原子重合或者成键乱掉问题，你还是先在盒子里放甲酸，再充上水。
2.甲酸的itp文件直接include到top文件里去
3.周期性盒子大小别太小了，1nm不够，要大于两个cut-off的距离，防止和自己的镜像作用。
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gromacs
2楼2014-05-19 15:35:19
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lyisacat

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-05-19 15:35:19
1.这样直接加到水盒子不是很合适，有可能会发生原子重合或者成键乱掉问题，你还是先在盒子里放甲酸，再充上水。
2.甲酸的itp文件直接include到top文件里去
3.周期性盒子大小别太小了，1nm不够，要大于两个cut-off ...

感谢前辈！嗯，可否具体一点如何先放甲酸再加水呢？我实在比较菜。。。非常感谢！
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3楼2014-05-19 15:59:09
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fangsteel

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:24:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by lyisacat at 2014-05-19 15:59:09
感谢前辈！嗯，可否具体一点如何先放甲酸再加水呢？我实在比较菜。。。非常感谢！...

先写好甲酸的gro，如果需要话你把它放在盒子的边缘上（不过这样的话，模拟跑的时候可能会出现部分原子跑到周期性盒子另一边的情况，你自己斟酌是否合适），再把盒子的尺寸增到到你所需要的尺寸（大于两个cutoff），然后再用genbox加水，这样加水就会考虑到甲酸上原子的范德华作用距离，不会出现那种成键乱掉或者原子靠的太近的情况
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gromacs
4楼2014-05-19 16:09:01
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lyisacat

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-05-19 16:09:01
先写好甲酸的gro，如果需要话你把它放在盒子的边缘上（不过这样的话，模拟跑的时候可能会出现部分原子跑到周期性盒子另一边的情况，你自己斟酌是否合适），再把盒子的尺寸增到到你所需要的尺寸（大于两个cutoff）， ...

我把甲酸写进生成水盒子前的gro文件里，但是genbox的时候总是说无法读入甲酸那部分的原子。似乎还是没有识别PRODRG上生成的甲酸分子集团。。。我在top文件里include了甲酸的itp 目前的gro是

MD of 1 NA+
   13
    1NA      NA    1   0.500   0.500   0.500
    2DRG    OAA    2   0.053   0.289   0.004
    2DRG    CAC    3   0.100   0.173   0.005
    2DRG    OAB    4   0.034   0.067   0.003
    2DRG    HAC    5   0.209   0.164   0.008
    3DRG    OAA    6   0.553   0.789   0.004
    3DRG    CAC    7   0.600   0.673   0.005
    3DRG    OAB    8   0.534   0.567   0.003
    3DRG    HAC    9   0.709   0.664   0.008
    4DRG    OAA   10   0.303   0.539   0.996
    4DRG    CAC   11   0.350   0.423   0.995
    4DRG    OAB   12   0.284   0.317   0.997
    4DRG    HAC   13   0.459   0.414   0.992
    1.00000   1.00000   1.00000
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5楼2014-05-22 10:48:59
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fangsteel

木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:24:25
引用回帖:
5楼: Originally posted by lyisacat at 2014-05-22 10:48:59
我把甲酸写进生成水盒子前的gro文件里，但是genbox的时候总是说无法读入甲酸那部分的原子。似乎还是没有识别PRODRG上生成的甲酸分子集团。。。我在top文件里include了甲酸的itp 目前的gro是

MD of 1 NA+
   13 ...

你有没有把上面的总原子数目加上甲酸的原子个数啊？genbox和后面的没关系，只是gro，可以从vmd上先看看能不能看出。
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gromacs
6楼2014-05-22 10:59:09
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lyisacat

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2014-05-22 10:59:09
你有没有把上面的总原子数目加上甲酸的原子个数啊？genbox和后面的没关系，只是gro，可以从vmd上先看看能不能看出。...

VMD上没发出。。。加上甲酸分子是13个原子。。。

好像VMD上不认我甲酸分子里的原子。。。
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7楼2014-05-22 11:22:46
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fangsteel

木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-05-30 19:24:32
引用回帖:
7楼: Originally posted by lyisacat at 2014-05-22 11:22:46
VMD上没发出。。。加上甲酸分子是13个原子。。。

好像VMD上不认我甲酸分子里的原子。。。...

gro截个图看看
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gromacs
8楼2014-05-22 15:12:30
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