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求助，关于Gromacs生成的水盒子中加小分子。 已有1人参与
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初来乍到金币数有限，见谅。。。 LZ在PRODRG网站上生成了一个甲酸分子的itp和gro文件。LZ之前用genbox生成了一个水盒子，现在想把这个甲酸分子加到水盒子的壁面上，不知应如何加？并且如果我在仿真中想固定这些甲酸分子在壁面上应该如何处理呢？ 我把第一步水盒子生成后得到的gro中加入甲酸分子的gro 然后报错说无法识别集团DRG 和对应的原子。请问应该怎么设置呢？已经得到的甲酸分子的itp又该怎么用呢？ 抱歉我金币太少了，我有金币后会再报偿给大家，问题比较菜。。。希望大神帮助一下小弱我。我是初入这行，还望师兄们指点，万分感谢！ PRODRG COORDS 4 1DRG OAA 1 0.053 0.289 0.004 1DRG CAC 2 0.100 0.173 0.005 1DRG OAB 3 0.034 0.067 0.003 1DRG HAC 4 0.209 0.164 0.008 0.37200 0.37200 0.37200 这是甲酸分子的gro文件 [ moleculetype ] ; Name nrexcl DRG 3 [ atoms ] ; nr type resnr resid atom cgnr charge mass 1 OM 1 DRG OAA 1 -0.237 15.9994 2 C 1 DRG CAC 1 0.473 13.0190 3 OM 1 DRG OAB 1 -0.236 15.9994 [ bonds ] ; ai aj fu c0, c1, ... 2 1 2 0.125 13400000.0 0.125 13400000.0 ; CAC OAA 2 3 2 0.125 13400000.0 0.125 13400000.0 ; CAC OAB [ pairs ] ; ai aj fu c0, c1, ... [ angles ] ; ai aj ak fu c0, c1, ... 1 2 3 2 126.0 770.0 126.0 770.0 ; OAA CAC OAB [ dihedrals ] ; ai aj ak al fu c0, c1, m, ... 这是PRODRG上复制下来的itp文件 MD of 1 NA+ 94 1NA NA 1 0.500 0.500 0.500 2SOL OW 2 0.135 0.703 0.717 2SOL HW1 3 0.192 0.781 0.692 2SOL HW2 4 0.075 0.729 0.793 3SOL OW 5 0.685 0.012 0.665 3SOL HW1 6 0.754 -0.004 0.735 3SOL HW2 7 0.612 0.069 0.703 4SOL OW 8 0.606 0.964 0.123 4SOL HW1 9 0.613 1.048 0.069 4SOL HW2 10 0.652 0.977 0.211 5SOL OW 11 0.598 0.729 0.270 5SOL HW1 12 0.622 0.798 0.202 5SOL HW2 13 0.520 0.762 0.324 6SOL OW 14 0.991 0.410 0.242 6SOL HW1 15 0.914 0.444 0.296 6SOL HW2 16 0.957 0.359 0.163 7SOL OW 17 0.041 0.701 0.429 7SOL HW1 18 0.067 0.697 0.525 7SOL HW2 19 -0.044 0.650 0.415 8SOL OW 20 0.550 0.196 0.885 8SOL HW1 21 0.545 0.191 0.985 8SOL HW2 22 0.552 0.292 0.856 9SOL OW 23 0.922 0.503 0.899 9SOL HW1 24 0.897 0.494 0.803 9SOL HW2 25 0.970 0.421 0.930 10SOL OW 26 0.539 0.064 0.512 10SOL HW1 27 0.458 0.065 0.570 10SOL HW2 28 0.542 0.147 0.457 11SOL OW 29 0.561 0.222 0.147 11SOL HW1 30 0.599 0.138 0.184 11SOL HW2 31 0.473 0.241 0.191 12SOL OW 32 0.705 0.050 0.368 12SOL HW1 33 0.691 0.057 0.467 12SOL HW2 34 0.789 -0.001 0.350 13SOL OW 35 0.566 0.537 0.865 13SOL HW1 36 0.578 0.603 0.791 13SOL HW2 37 0.612 0.571 0.948 14SOL OW 38 0.209 0.525 0.275 14SOL HW1 39 0.222 0.441 0.329 14SOL HW2 40 0.180 0.599 0.335 15SOL OW 41 0.732 0.634 0.064 15SOL HW1 42 0.791 0.608 -0.012 15SOL HW2 43 0.704 0.730 0.053 16SOL OW 44 0.307 0.063 0.618 16SOL HW1 45 0.296 0.157 0.651 16SOL HW2 46 0.302 0.000 0.695 17SOL OW 47 0.023 0.766 0.966 17SOL HW1 48 0.038 0.787 1.062 17SOL HW2 49 -0.007 0.671 0.957 18SOL OW 50 0.319 0.810 0.949 18SOL HW1 51 0.412 0.846 0.954 18SOL HW2 52 0.313 0.725 1.001 19SOL OW 53 0.339 0.509 0.006 19SOL HW1 54 0.287 0.426 -0.011 19SOL HW2 55 0.416 0.514 -0.058 20SOL OW 56 0.815 0.572 0.325 20SOL HW1 57 0.822 0.483 0.279 20SOL HW2 58 0.721 0.606 0.317 21SOL OW 59 0.473 0.500 0.191 21SOL HW1 60 0.534 0.580 0.195 21SOL HW2 61 0.378 0.531 0.198 22SOL OW 62 0.302 0.855 0.309 22SOL HW1 63 0.216 0.824 0.351 22SOL HW2 64 0.298 0.841 0.210 23SOL OW 65 0.083 0.258 0.022 23SOL HW1 66 0.078 0.257 0.122 23SOL HW2 67 0.000 0.217 -0.016 24SOL OW 68 0.903 0.086 0.133 24SOL HW1 69 0.954 0.087 0.047 24SOL HW2 70 0.959 0.044 0.204 25SOL OW 71 0.263 0.326 0.720 25SOL HW1 72 0.184 0.377 0.686 25SOL HW2 73 0.254 0.311 0.818 26SOL OW 74 0.916 0.910 0.291 26SOL HW1 75 0.979 0.948 0.223 26SOL HW2 76 0.956 0.827 0.330 27SOL OW 77 0.072 0.166 0.318 27SOL HW1 78 0.055 0.249 0.264 27SOL HW2 79 0.162 0.129 0.296 28SOL OW 80 0.225 0.325 0.449 28SOL HW1 81 0.290 0.251 0.438 28SOL HW2 82 0.245 0.375 0.533 29SOL OW 83 0.594 0.745 0.652 29SOL HW1 84 0.644 0.830 0.633 29SOL HW2 85 0.506 0.747 0.604 30SOL OW 86 0.859 0.956 0.861 30SOL HW1 87 0.913 0.887 0.909 30SOL HW2 88 0.827 1.025 0.927 31SOL OW 89 0.083 0.984 0.087 31SOL HW1 90 0.060 1.037 0.005 31SOL HW2 91 0.164 0.928 0.068 32SOL OW 92 0.079 0.240 0.653 32SOL HW1 93 0.078 0.193 0.741 32SOL HW2 94 0.161 0.212 0.602 1.00000 1.00000 1.00000 这是1nm^3的水盒子 中心有一个Na+离子 |
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 MDs-Gromacs | gromacs |
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我把甲酸写进生成水盒子前的gro文件里，但是genbox的时候总是说无法读入甲酸那部分的原子。似乎还是没有识别PRODRG上生成的甲酸分子集团。。。我在top文件里include了甲酸的itp 目前的gro是 MD of 1 NA+ 13 1NA NA 1 0.500 0.500 0.500 2DRG OAA 2 0.053 0.289 0.004 2DRG CAC 3 0.100 0.173 0.005 2DRG OAB 4 0.034 0.067 0.003 2DRG HAC 5 0.209 0.164 0.008 3DRG OAA 6 0.553 0.789 0.004 3DRG CAC 7 0.600 0.673 0.005 3DRG OAB 8 0.534 0.567 0.003 3DRG HAC 9 0.709 0.664 0.008 4DRG OAA 10 0.303 0.539 0.996 4DRG CAC 11 0.350 0.423 0.995 4DRG OAB 12 0.284 0.317 0.997 4DRG HAC 13 0.459 0.414 0.992 1.00000 1.00000 1.00000 |
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