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saabx

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3楼: Originally posted by jerkwin at 2013-08-28 08:00:49
溶剂分子一个一个加就是了:
1. 做出水箱
2. 向水箱里插入一种溶剂
3. 再向2所得溶液插入另一种溶剂
.....
genbox有-i选项

您意思是不是算出水盒子的大小，然后按照计算的结果计算需要多少A（溶剂）分子和B（溶剂）分子，然后再放入盒子里进行模拟？

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8楼2013-08-30 09:40:50

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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

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1、不知道语句怎么编写，你应该去仔细阅读手册啊。
2、据我所知，没有自带的“醇、乙醇、尿素的结构”，不过这些小分子你可以直接找到他们的PDB 文件和力场参数，具体的混合你可以试试packmol，一个很小但是很好用的建模软件

2楼2013-08-27 15:58:05

jerkwin

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溶剂分子一个一个加就是了:
1. 做出水箱
2. 向水箱里插入一种溶剂
3. 再向2所得溶液插入另一种溶剂
.....
genbox有-i选项

3楼2013-08-28 08:00:49

eastlife

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4楼2013-08-28 21:54:51

eastlife

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5楼2013-08-28 22:00:28

jerkwin

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引用回帖:

5楼: Originally posted by eastlife at 2013-08-28 22:00:28
按照教程里面genbox添加溶剂
先添加水箱
genbox -cp fws.pdb -cs spc216.gro -o fws-4.pdb -p fws.top
再添加甲醇
genbox -cp fws.pdb -ci methanol.pdb -nmol 6 -o fws-4.pdb -p fws.top
(先在fws.pdb中添加 ...

genbox只用来创建构型, 不要用它做其他的
top文件需要你自己去合并, 不要用genbox来做

6楼2013-08-29 07:35:18

eastlife

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7楼2013-08-29 20:43:23

emrecoba

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【答案】应助回帖

试试packmol来建立溶液盒子

9楼2013-09-02 10:11:13

huyingdamon

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兄弟看到你的帖子我现在跟你一样着急得很我也是需要邮寄溶剂模型我有了乙腈top跟gro后，把它当小分子一样插进去跟你的方法差不多我倒是插进去了能量最小化还好好地但一到NVT平衡就运行不了了不知道您现在解决这个问题了没还有你说在top中不显示加入甲醇的数目这是对的只有gromacs自带的水溶剂加进去才会显示其他溶剂要自己在top中加进去的

10楼2013-09-20 10:42:38