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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 怎么用gromacs模拟混合溶剂？跪求大牛指导。。。
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eastlife

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MDs-Gromacs gromacs xuexijisuan

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1楼 2013-08-27 15:45:46
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

saabx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jerkwin at 2013-08-28 08:00:49
溶剂分子一个一个加就是了:
1. 做出水箱
2. 向水箱里插入一种溶剂
3. 再向2所得溶液插入另一种溶剂
.....
genbox有-i选项

您意思是不是算出水盒子的大小，然后按照计算的结果计算需要多少A（溶剂）分子和B（溶剂）分子，然后再放入盒子里进行模拟？
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8楼2013-08-30 09:40:50
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普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1、不知道语句怎么编写 ，你应该去仔细阅读手册啊。
2、据我所知，没有自带的“醇、乙醇、尿素的结构”，不过这些小分子你可以直接找到他们的PDB 文件和力场参数，具体的混合你可以试试packmol，一个很小但是很好用的建模软件
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2楼2013-08-27 15:58:05
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
溶剂分子一个一个加就是了:
1. 做出水箱
2. 向水箱里插入一种溶剂
3. 再向2所得溶液插入另一种溶剂
.....
genbox有-i选项
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3楼2013-08-28 08:00:49
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eastlife

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4楼2013-08-28 21:54:51
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5楼2013-08-28 22:00:28
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by eastlife at 2013-08-28 22:00:28
按照教程里面genbox添加溶剂
先添加水箱
genbox -cp fws.pdb -cs spc216.gro -o fws-4.pdb -p fws.top
再添加甲醇
genbox -cp fws.pdb -ci methanol.pdb -nmol 6 -o fws-4.pdb -p fws.top
(先在fws.pdb中添加 ...

genbox只用来创建构型, 不要用它做其他的
top文件需要你自己去合并, 不要用genbox来做
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6楼2013-08-29 07:35:18
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eastlife

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7楼2013-08-29 20:43:23
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emrecoba

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

试试packmol来建立溶液盒子
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9楼2013-09-02 10:11:13
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
兄弟 看到你的帖子 我现在跟你一样 着急得很 我也是需要邮寄溶剂模型 我有了乙腈top跟gro后，把它当小分子一样插进去 跟你的方法差不多我倒是插进去了 能量最小化还好好地 但一到NVT平衡就运行不了了 不知道您现在解决这个问题了没 还有你说在top中不显示加入甲醇的数目 这是对的 只有gromacs自带的水溶剂加进去才会显示 其他溶剂要自己在top中加进去的
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10楼2013-09-20 10:42:38
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