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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 怎么用Gromacs或者Pymol将.mol2文件转化为.pdb文件？
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hc8850

金虫 (初入文坛)

[求助] 怎么用Gromacs或者Pymol将.mol2文件转化为.pdb文件？ 已有2人参与

怎么用Gromacs或者Pymol将.mol2文件转化为.pdb文件？就是将一个小分子文件放到一个大分子文件的结构腔里。
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1楼 2015-01-23 11:36:44
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2015-01-25 14:10:43
用分子对接软件Autodock，DOCK，DS，GOLD等来解决这个问题
至于格式转换，用openbabel或者pymol，Chemidraw都可以完成
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-01-23 14:56:56
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hc8850

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-01-23 14:56:56
用分子对接软件Autodock，DOCK，DS，GOLD等来解决这个问题
至于格式转换，用openbabel或者pymol，Chemidraw都可以完成

能给我更加详细的步骤吗？
赞一下 回复此楼
3楼2015-01-24 23:41:23
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hc8850 at 2015-01-24 23:41:23
能给我更加详细的步骤吗？...

详细的实验步骤可以论坛网上下载教程，比如Autodock教程
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2015-01-24 23:59:53
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hc8850: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-01-25 08:55:34
先用pymol打开受体配体，然后存为同一个文件，pdb格式，就可以，但是问题是如何保证两者已经对接好了的。所以还是要学autodock,可以加我私下远程解决问题。

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2015-01-25 01:01:47
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hc8850

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-01-24 23:59:53
详细的实验步骤可以论坛网上下载教程，比如Autodock教程...

谢谢了
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6楼2015-01-25 08:55:45
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