应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 怎么用Gromacs或者Pymol将.mol2文件转化为.pdb文件？
61/1返回列表
查看: 3665  |  回复: 5
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hc8850

金虫 (初入文坛)

[求助] 怎么用Gromacs或者Pymol将.mol2文件转化为.pdb文件？已有2人参与

怎么用Gromacs或者Pymol将.mol2文件转化为.pdb文件？就是将一个小分子文件放到一个大分子文件的结构腔里。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2015-01-23 11:36:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2015-01-25 14:10:43
用分子对接软件Autodock，DOCK，DS，GOLD等来解决这个问题
至于格式转换，用openbabel或者pymol，Chemidraw都可以完成
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-01-23 14:56:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hc8850

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-01-23 14:56:56
用分子对接软件Autodock，DOCK，DS，GOLD等来解决这个问题
至于格式转换，用openbabel或者pymol，Chemidraw都可以完成

能给我更加详细的步骤吗？
赞一下 回复此楼
3楼2015-01-24 23:41:23
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hc8850 at 2015-01-24 23:41:23
能给我更加详细的步骤吗？...

详细的实验步骤可以论坛网上下载教程，比如Autodock教程
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2015-01-24 23:59:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hc8850: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-01-25 08:55:34
先用pymol打开受体配体，然后存为同一个文件，pdb格式，就可以，但是问题是如何保证两者已经对接好了的。所以还是要学autodock,可以加我私下远程解决问题。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2015-01-25 01:01:47
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hc8850

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-01-24 23:59:53
详细的实验步骤可以论坛网上下载教程，比如Autodock教程...

谢谢了
回复此楼
6楼2015-01-25 08:55:45
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hc8850 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭