24小时热门版块排行榜    

查看: 4121  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

hc8850

金虫 (初入文坛)

[求助] 怎么用Gromacs或者Pymol将.mol2文件转化为.pdb文件? 已有2人参与

怎么用Gromacs或者Pymol将.mol2文件转化为.pdb文件?就是将一个小分子文件放到一个大分子文件的结构腔里。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by hc8850 at 2015-01-24 23:41:23
能给我更加详细的步骤吗?...

详细的实验步骤可以论坛网上下载教程,比如Autodock教程
4楼2015-01-24 23:59:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2015-01-25 14:10:43
用分子对接软件Autodock,DOCK,DS,GOLD等来解决这个问题
至于格式转换,用openbabel或者pymol,Chemidraw都可以完成
2楼2015-01-23 14:56:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hc8850

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-01-23 14:56:56
用分子对接软件Autodock,DOCK,DS,GOLD等来解决这个问题
至于格式转换,用openbabel或者pymol,Chemidraw都可以完成

能给我更加详细的步骤吗?
3楼2015-01-24 23:41:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hc8850: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-01-25 08:55:34
先用pymol打开受体配体,然后存为同一个文件,pdb格式,就可以,但是问题是如何保证两者已经对接好了的。所以还是要学autodock,可以加我私下远程解决问题。

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2015-01-25 01:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 22:27 by xzcv0Tehd8lQ
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 22:27 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 22:11 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 7/350 2026-11-01 22:01 by xzcv0Tehd8lQ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 10/500 2026-11-01 21:52 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 21:45 by xzcv0Tehd8lQ
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 5/250 2026-11-01 21:45 by xzcv0Tehd8lQ
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 19:50 by xzcv0Tehd8lQ
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 16:58 by BCdvBAEpt3zm
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 18/900 2026-11-01 16:48 by BCdvBAEpt3zm
[基金申请] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 22/1100 2026-11-01 16:35 by BCdvBAEpt3zm
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 22/1100 2026-11-01 16:35 by BCdvBAEpt3zm
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 10/500 2026-11-01 14:50 by BCdvBAEpt3zm
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 14/700 2026-11-01 14:24 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 越来越担心硕士毕业后没有竞争力了 +9 zuesli 2026-10-27 15/750 2026-11-01 12:59 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 3/150 2026-11-01 12:53 by BCdvBAEpt3zm
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 12:40 by BCdvBAEpt3zm
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 12:38 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 17/850 2026-11-01 12:24 by BCdvBAEpt3zm
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 11/550 2026-11-01 12:24 by BCdvBAEpt3zm
信息提示
请填处理意见