24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3830  |  回复: 5

hc8850

金虫 (初入文坛)

[求助] 怎么用Gromacs或者Pymol将.mol2文件转化为.pdb文件? 已有2人参与

怎么用Gromacs或者Pymol将.mol2文件转化为.pdb文件?就是将一个小分子文件放到一个大分子文件的结构腔里。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2015-01-25 14:10:43
用分子对接软件Autodock,DOCK,DS,GOLD等来解决这个问题
至于格式转换,用openbabel或者pymol,Chemidraw都可以完成
2楼2015-01-23 14:56:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hc8850

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-01-23 14:56:56
用分子对接软件Autodock,DOCK,DS,GOLD等来解决这个问题
至于格式转换,用openbabel或者pymol,Chemidraw都可以完成

能给我更加详细的步骤吗?
3楼2015-01-24 23:41:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by hc8850 at 2015-01-24 23:41:23
能给我更加详细的步骤吗?...

详细的实验步骤可以论坛网上下载教程,比如Autodock教程
4楼2015-01-24 23:59:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hc8850: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-01-25 08:55:34
先用pymol打开受体配体,然后存为同一个文件,pdb格式,就可以,但是问题是如何保证两者已经对接好了的。所以还是要学autodock,可以加我私下远程解决问题。

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2015-01-25 01:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hc8850

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-01-24 23:59:53
详细的实验步骤可以论坛网上下载教程,比如Autodock教程...

谢谢了
6楼2015-01-25 08:55:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hc8850 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 307求调剂 +9 超级伊昂大王 2026-03-24 10/500 2026-03-29 20:26 by 永字号
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856 | GPA 4.07 | 有科研经历 +7 cccchenso 2026-03-29 7/350 2026-03-29 15:00 by 唐沐儿
[考研] 340求调剂 +6 Amber00 2026-03-26 6/300 2026-03-29 12:06 by 无际的草原
[考研] 321求调剂 +7 璞玉~~ 2026-03-25 8/400 2026-03-29 06:41 by 544594351
[考研] 085701求调剂初试286分 +4 secret0328 2026-03-28 4/200 2026-03-28 21:09 by 15366876211
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +7 1428151015 2026-03-27 7/350 2026-03-28 19:58 by S240
[考研] 085602 化工专硕 338分 求调剂 +12 路痴小琪 2026-03-27 12/600 2026-03-28 15:41 by L135790
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-27 6/300 2026-03-28 14:10 by 唐沐儿
[考研] 0856,材料与化工321分求调剂 +12 大馋小子 2026-03-27 13/650 2026-03-28 10:56 by self2008
[考研] 330一志愿中国海洋大学 化学工程 085602 有读博意愿 求调剂 +3 wywy.. 2026-03-27 4/200 2026-03-28 03:32 by fmesaito
[考研] 考研调剂 +4 Sanmu-124 2026-03-26 4/200 2026-03-27 17:49 by kiokin
[考研] 305求调剂 +5 哇卢卡库 2026-03-26 5/250 2026-03-27 14:01 by laoshidan
[硕博家园] 北京林业大学硕导招生广告 +6 kongweilin 2026-03-26 8/400 2026-03-27 10:18 by FF_16
[考研] 求调剂 +6 林之夕 2026-03-24 6/300 2026-03-27 08:38 by hypershenger
[考研] 341求调剂 +7 青柠檬1 2026-03-26 7/350 2026-03-27 00:19 by wxiongid
[考研] 机械学硕310分,数一英一,一志愿211本科双非找调剂信息 +3 @357 2026-03-25 3/150 2026-03-26 16:34 by by.MENG
[考研] 296求调剂 +4 汪!?! 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪!?!
[考研] 材料调剂 +3 iwinso 2026-03-23 3/150 2026-03-25 11:29 by greychen00
[考研] 一志愿武理085500机械专业总分300求调剂 +3 an10101 2026-03-24 7/350 2026-03-25 00:00 by 山鬼0-
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
信息提示
请填处理意见