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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接
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xxj9618

银虫 (初入文坛)

[求助] 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接已有1人参与

我现在要做一个模拟，其中要用到的主要物质是一条肽链，但是这个肽链的侧链有一个烷基基团，我想请问一下有没有什么软件可以实现让一个侧链连在肽链上，并且我要生成它的pdb文件
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我有我世界。。。
1楼2014-09-09 10:54:51
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fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
还用gromacs干嘛呀，直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做，不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
2楼2014-09-10 17:10:43
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
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2楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-10 17:10:43
还用gromacs干嘛呀，直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做，不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。

主要我还不太了解这个领域，我想请问一下，这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗？谢谢啦
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我有我世界。。。
3楼2014-09-11 09:22:12
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fanc232

新虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 09:22:12
主要我还不太了解这个领域，我想请问一下，这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗？谢谢啦...

可以的。是个结构编辑软件，都可以弄得。工作过程就是，把你的肽链结构文件载入，用结构编辑功能，去掉相应位置的氢原子，再加上一个烃基，做个能量最小化啥的，就行了。你问问你们实验室用的是哪个结构编辑软件，我试一试之后把步骤告诉你，你再用在你自己的肽链上。
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xxj9618
我很喜欢计算机辅助药物设计
4楼2014-09-11 10:11:08
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 10:11:08
可以的。是个结构编辑软件，都可以弄得。工作过程就是，把你的肽链结构文件载入，用结构编辑功能，去掉相应位置的氢原子，再加上一个烃基，做个能量最小化啥的，就行了。你问问你们实验室用的是哪个结构编辑软件， ...

我是我们实验组第一个做这个的，太感谢你了，我都快哭了。。。一直求助无门。。你会用autodock vina吗，如果这个不行就用你说的schrodinger吧，我去下一个软件包
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我有我世界。。。
5楼2014-09-11 10:28:59
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fanc232

新虫 (小有名气)
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5楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 10:28:59
我是我们实验组第一个做这个的，太感谢你了，我都快哭了。。。一直求助无门。。你会用autodock vina吗，如果这个不行就用你说的schrodinger吧，我去下一个软件包...

autodock vina，我会用。可是我记得那个是拿命令行跑的，没有编辑结构的功能吧。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
6楼2014-09-11 16:17:05
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fanc232

新虫 (小有名气)
楼主你下载好软件没？我刚才试了一下，你要是安装schrodinger费劲，你弄个pymol,也行。
pymol，在windows下，先安装一个python编译软件，就能安装pymol了。
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7楼2014-09-11 18:28:38
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
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7楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 18:28:38
楼主你下载好软件没？我刚才试了一下，你要是安装schrodinger费劲，你弄个pymol,也行。
pymol，在windows下，先安装一个python编译软件，就能安装pymol了。

我是在linux下的，pymol我装好了，我在导入己烷之后就找不到原来的分子了，其实是用autodocktools,你会用吗。schrodinger我下了但是不知道怎么破解
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我有我世界。。。
8楼2014-09-11 19:15:57
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fanc232

新虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 19:15:57
我是在linux下的，pymol我装好了，我在导入己烷之后就找不到原来的分子了，其实是用autodocktools,你会用吗。schrodinger我下了但是不知道怎么破解...

己烷，六个碳啊，用pymol导入六次甲基，就成了己烷了。autodocktools，我电脑上没装，也从来没用过。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
9楼2014-09-11 19:32:52
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fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xxj9618: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 太感谢你了 2014-09-12 08:51:45
你不用导入己烷。用pymol，先导入你的多肽。用鼠标右键双击连接己烷的位点，直到那个位置的原子变成白色绷带一样的球形。如果那个原子上有氢原子，需要被取代掉，那就右键双击那个氢原子。
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10楼2014-09-11 19:35:41
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