2楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-10 17:10:43
还用gromacs干嘛呀，直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做，不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。

3楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 09:22:12
主要我还不太了解这个领域，我想请问一下，这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗？谢谢啦...

4楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 10:11:08
可以的。是个结构编辑软件，都可以弄得。工作过程就是，把你的肽链结构文件载入，用结构编辑功能，去掉相应位置的氢原子，再加上一个烃基，做个能量最小化啥的，就行了。你问问你们实验室用的是哪个结构编辑软件， ...

5楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 10:28:59
我是我们实验组第一个做这个的，太感谢你了，我都快哭了。。。一直求助无门。。你会用autodock vina吗，如果这个不行就用你说的schrodinger吧，我去下一个软件包...

7楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 18:28:38
楼主你下载好软件没？我刚才试了一下，你要是安装schrodinger费劲，你弄个pymol,也行。
pymol，在windows下，先安装一个python编译软件，就能安装pymol了。

8楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 19:15:57
我是在linux下的，pymol我装好了，我在导入己烷之后就找不到原来的分子了，其实是用autodocktools,你会用吗。schrodinger我下了但是不知道怎么破解...