应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接
251/3返回列表123下一页
查看: 1239  |  回复: 24
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xxj9618

银虫 (初入文坛)

[求助] 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接 已有1人参与

我现在要做一个模拟，其中要用到的主要物质是一条肽链，但是这个肽链的侧链有一个烷基基团，我想请问一下有没有什么软件可以实现让一个侧链连在肽链上，并且我要生成它的pdb文件
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
我有我世界。。。
1楼 2014-09-09 10:54:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
还用gromacs干嘛呀，直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做，不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。
赞一下 回复此楼
我很喜欢计算机辅助药物设计
2楼2014-09-10 17:10:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-10 17:10:43
还用gromacs干嘛呀，直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做，不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。

主要我还不太了解这个领域，我想请问一下，这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗？谢谢啦
赞一下 回复此楼
我有我世界。。。
3楼2014-09-11 09:22:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 09:22:12
主要我还不太了解这个领域，我想请问一下，这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗？谢谢啦...

可以的。是个结构编辑软件，都可以弄得。工作过程就是，把你的肽链结构文件载入，用结构编辑功能，去掉相应位置的氢原子，再加上一个烃基，做个能量最小化啥的，就行了。你问问你们实验室用的是哪个结构编辑软件，我试一试之后把步骤告诉你，你再用在你自己的肽链上。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xxj9618
我很喜欢计算机辅助药物设计
4楼2014-09-11 10:11:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 10:11:08
可以的。是个结构编辑软件，都可以弄得。工作过程就是，把你的肽链结构文件载入，用结构编辑功能，去掉相应位置的氢原子，再加上一个烃基，做个能量最小化啥的，就行了。你问问你们实验室用的是哪个结构编辑软件， ...

我是我们实验组第一个做这个的，太感谢你了，我都快哭了。。。一直求助无门。。你会用autodock vina吗，如果这个不行就用你说的schrodinger吧，我去下一个软件包
赞一下 回复此楼
我有我世界。。。
5楼2014-09-11 10:28:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 10:28:59
我是我们实验组第一个做这个的，太感谢你了，我都快哭了。。。一直求助无门。。你会用autodock vina吗，如果这个不行就用你说的schrodinger吧，我去下一个软件包...

autodock vina，我会用。可是我记得那个是拿命令行跑的，没有编辑结构的功能吧。
赞一下 回复此楼
我很喜欢计算机辅助药物设计
6楼2014-09-11 16:17:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)
楼主你下载好软件没？我刚才试了一下，你要是安装schrodinger费劲，你弄个pymol,也行。
pymol，在windows下，先安装一个python编译软件，就能安装pymol了。
赞一下 回复此楼
我很喜欢计算机辅助药物设计
7楼2014-09-11 18:28:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 18:28:38
楼主你下载好软件没？我刚才试了一下，你要是安装schrodinger费劲，你弄个pymol,也行。
pymol，在windows下，先安装一个python编译软件，就能安装pymol了。

我是在linux下的，pymol我装好了，我在导入己烷之后就找不到原来的分子了，其实是用autodocktools,你会用吗。schrodinger我下了但是不知道怎么破解
赞一下 回复此楼
我有我世界。。。
8楼2014-09-11 19:15:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 19:15:57
我是在linux下的，pymol我装好了，我在导入己烷之后就找不到原来的分子了，其实是用autodocktools,你会用吗。schrodinger我下了但是不知道怎么破解...

己烷，六个碳啊，用pymol导入六次甲基，就成了己烷了。autodocktools，我电脑上没装，也从来没用过。
赞一下 回复此楼
我很喜欢计算机辅助药物设计
9楼2014-09-11 19:32:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xxj9618: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 太感谢你了 2014-09-12 08:51:45
你不用导入己烷。用pymol，先导入你的多肽。用鼠标右键双击连接己烷的位点，直到那个位置的原子变成白色绷带一样的球形。如果那个原子上有氢原子，需要被取代掉，那就右键双击那个氢原子。
赞一下 回复此楼
我很喜欢计算机辅助药物设计
10楼2014-09-11 19:35:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xxj9618 的主题更新
251/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭