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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
20楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-16 13:53:15
我把我的pdb发给你，你帮我优化一下行吗...

刚才一直没在线。还是自己操作一遍比较好。你还是先弄个安装文件，淘宝上也有，自己安装上，然后我告诉你操作步骤。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
21楼2014-09-16 14:18:52
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
21楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-16 14:18:52
刚才一直没在线。还是自己操作一遍比较好。你还是先弄个安装文件，淘宝上也有，自己安装上，然后我告诉你操作步骤。...

你说的是让我安装，sybyl吗
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我有我世界。。。
22楼2014-09-17 09:19:07
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-10 17:10:43
还用gromacs干嘛呀，直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做，不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。

我最近有点急，你只要帮我优化这一个结构就行，接下来的我来自己做，成吗，万分感激啊
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我有我世界。。。
23楼2014-09-17 10:02:43
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
21楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-16 14:18:52
刚才一直没在线。还是自己操作一遍比较好。你还是先弄个安装文件，淘宝上也有，自己安装上，然后我告诉你操作步骤。...

额，好吧，我自己来，不过我现在遇到这样的问题
Fatal error:
Atom HN1 in residue VAL 1 was not found in rtp entry VAL with 10 atoms
while sorting atoms.

For a hydrogen, this can be a different protonation state, or it
might have had a different number in the PDB file and was rebuilt
(it might for instance have been H3, and we only expected H1 & H2).
Note that hydrogens might have been added to the entry for the N-terminus.
Remove this hydrogen or choose a different protonation state to solve it.
Option -ignh will ignore all hydrogens in the input.
我知道肯定是因为用己基替换了h导致的，但是我不知道现在该怎么办
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我有我世界。。。
24楼2014-09-17 13:59:55
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fanc232

新虫 (小有名气)
我们实验室这两天因故断网，就没能上线。
我最近忙着开题报告，而且实验室的计算资源也空不出来，不然我也就帮你优化一下了。论坛里厉害的人特别多，你先问问别人，别耽误你的事情。我这里，一周之内空不出时间来啊，抱歉！

我看了你的报错，想了想。直接用gromacs优化，肯定会因为氨基酸残基不符合立场定义而报错。你就下载安装一个SYBYL或者schrodinger破解版，可以选择单独把己基做个最小化。肽链是你已经构建好的，结构不优化应该也行。
我一直都是拿gromcas处理蛋白质，所以这个报错有点帮不上忙啊......问问论坛里拿gromacs模拟其它化学小分子的人，肯定能帮的上你。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
25楼2014-09-17 16:40:36
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