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xxj9618

银虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 299.3
帖子: 48
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虫号: 2231205
注册: 2013-01-09
性别: GG
专业: 生物医用高分子材料

[求助] 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接已有1人参与

我现在要做一个模拟，其中要用到的主要物质是一条肽链，但是这个肽链的侧链有一个烷基基团，我想请问一下有没有什么软件可以实现让一个侧链连在肽链上，并且我要生成它的pdb文件

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我有我世界。。。

1楼 2014-09-09 10:54:51

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fanc232

新虫 (小有名气)

应助: 8 (幼儿园)
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虫号: 1046781
注册: 2010-06-24
性别: MM
专业: 细胞生物学研究中的新方法

我们实验室这两天因故断网，就没能上线。

我最近忙着开题报告，而且实验室的计算资源也空不出来，不然我也就帮你优化一下了。论坛里厉害的人特别多，你先问问别人，别耽误你的事情。我这里，一周之内空不出时间来啊，抱歉！

我看了你的报错，想了想。直接用gromacs优化，肯定会因为氨基酸残基不符合立场定义而报错。你就下载安装一个SYBYL或者schrodinger破解版，可以选择单独把己基做个最小化。肽链是你已经构建好的，结构不优化应该也行。
我一直都是拿gromcas处理蛋白质，所以这个报错有点帮不上忙啊......问问论坛里拿gromacs模拟其它化学小分子的人，肯定能帮的上你。