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xxj9618

银虫 (初入文坛)

[求助] 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接 已有1人参与

我现在要做一个模拟,其中要用到的主要物质是一条肽链,但是这个肽链的侧链有一个烷基基团,我想请问一下有没有什么软件可以实现让一个侧链连在肽链上,并且我要生成它的pdb文件
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我有我世界。。。
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fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
还用gromacs干嘛呀,直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做,不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。
我很喜欢计算机辅助药物设计
2楼2014-09-10 17:10:43
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xxj9618

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-10 17:10:43
还用gromacs干嘛呀,直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做,不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。

主要我还不太了解这个领域,我想请问一下,这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗?谢谢啦
我有我世界。。。
3楼2014-09-11 09:22:12
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fanc232

新虫 (小有名气)

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3楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 09:22:12
主要我还不太了解这个领域,我想请问一下,这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗?谢谢啦...

可以的。是个结构编辑软件,都可以弄得。工作过程就是,把你的肽链结构文件载入,用结构编辑功能,去掉相应位置的氢原子,再加上一个烃基,做个能量最小化啥的,就行了。你问问你们实验室用的是哪个结构编辑软件,我试一试之后把步骤告诉你,你再用在你自己的肽链上。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

我很喜欢计算机辅助药物设计
4楼2014-09-11 10:11:08
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xxj9618

银虫 (初入文坛)

送红花一朵
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4楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 10:11:08
可以的。是个结构编辑软件,都可以弄得。工作过程就是,把你的肽链结构文件载入,用结构编辑功能,去掉相应位置的氢原子,再加上一个烃基,做个能量最小化啥的,就行了。你问问你们实验室用的是哪个结构编辑软件, ...

我是我们实验组第一个做这个的,太感谢你了,我都快哭了。。。一直求助无门。。你会用autodock vina吗,如果这个不行就用你说的schrodinger吧,我去下一个软件包
我有我世界。。。
5楼2014-09-11 10:28:59
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fanc232

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 10:28:59
我是我们实验组第一个做这个的,太感谢你了,我都快哭了。。。一直求助无门。。你会用autodock vina吗,如果这个不行就用你说的schrodinger吧,我去下一个软件包...

autodock vina,我会用。可是我记得那个是拿命令行跑的,没有编辑结构的功能吧。
我很喜欢计算机辅助药物设计
6楼2014-09-11 16:17:05
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fanc232

新虫 (小有名气)

楼主你下载好软件没?我刚才试了一下,你要是安装schrodinger费劲,你弄个pymol,也行。
pymol,在windows下,先安装一个python编译软件,就能安装pymol了。
我很喜欢计算机辅助药物设计
7楼2014-09-11 18:28:38
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xxj9618

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 18:28:38
楼主你下载好软件没?我刚才试了一下,你要是安装schrodinger费劲,你弄个pymol,也行。
pymol,在windows下,先安装一个python编译软件,就能安装pymol了。

我是在linux下的,pymol我装好了,我在导入己烷之后就找不到原来的分子了,其实是用autodocktools,你会用吗。schrodinger我下了但是不知道怎么破解
我有我世界。。。
8楼2014-09-11 19:15:57
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fanc232

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 19:15:57
我是在linux下的,pymol我装好了,我在导入己烷之后就找不到原来的分子了,其实是用autodocktools,你会用吗。schrodinger我下了但是不知道怎么破解...

己烷,六个碳啊,用pymol导入六次甲基,就成了己烷了。autodocktools,我电脑上没装,也从来没用过。
我很喜欢计算机辅助药物设计
9楼2014-09-11 19:32:52
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fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xxj9618: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 太感谢你了 2014-09-12 08:51:45
你不用导入己烷。用pymol,先导入你的多肽。用鼠标右键双击连接己烷的位点,直到那个位置的原子变成白色绷带一样的球形。如果那个原子上有氢原子,需要被取代掉,那就右键双击那个氢原子。
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10楼2014-09-11 19:35:41
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