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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接
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fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

然后在pymol的菜单下找Build——Fragment——Carbon，单击，就能连接上一个甲基。然后再用同样方法右键双击甲基上一个氢原子，再连接一个甲基，这样连上六个甲基，就是正己烷了。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
11楼2014-09-11 19:38:16
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 19:35:41
你不用导入己烷。用pymol，先导入你的多肽。用鼠标右键双击连接己烷的位点，直到那个位置的原子变成白色绷带一样的球形。如果那个原子上有氢原子，需要被取代掉，那就右键双击那个氢原子。

我来尝试一下，先谢过
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我有我世界。。。
12楼2014-09-12 08:51:24
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 19:38:16
然后在pymol的菜单下找Build——Fragment——Carbon，单击，就能连接上一个甲基。然后再用同样方法右键双击甲基上一个氢原子，再连接一个甲基，这样连上六个甲基，就是正己烷了。

对了，这个连接好之后应该要做一下能量最小化吧
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我有我世界。。。
13楼2014-09-12 09:58:30
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-12 09:58:30
对了，这个连接好之后应该要做一下能量最小化吧...

是的。要做一下能量最小化。最小化之前注意检查有没有加上氢原子，质子化状态是否正确，加电荷，然后再做能量最小化。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
14楼2014-09-12 10:28:44
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shaye

金虫 (正式写手)
用Chem Draw应该可以做
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做自己，就快乐
15楼2014-09-12 10:48:26
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 19:35:41
你不用导入己烷。用pymol，先导入你的多肽。用鼠标右键双击连接己烷的位点，直到那个位置的原子变成白色绷带一样的球形。如果那个原子上有氢原子，需要被取代掉，那就右键双击那个氢原子。

gromacs表示我的初始结构画的不太好，应该用什么软件加以优化
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我有我世界。。。
16楼2014-09-16 09:23:19
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-16 09:23:19
gromacs表示我的初始结构画的不太好，应该用什么软件加以优化...

你那里有没有SYBYL软件？可以先拿SYBYL做一个能量最小化的。跑分子动力学模拟之前，结构优化是很重要的。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
17楼2014-09-16 12:03:37
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
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我有我世界。。。
18楼2014-09-16 12:51:56
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fanc232

新虫 (小有名气)
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我很喜欢计算机辅助药物设计
19楼2014-09-16 13:05:14
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
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我有我世界。。。
20楼2014-09-16 13:53:15
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