【答案】应助回帖

10楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 19:35:41
你不用导入己烷。用pymol，先导入你的多肽。用鼠标右键双击连接己烷的位点，直到那个位置的原子变成白色绷带一样的球形。如果那个原子上有氢原子，需要被取代掉，那就右键双击那个氢原子。

11楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 19:38:16
然后在pymol的菜单下找Build——Fragment——Carbon，单击，就能连接上一个甲基。然后再用同样方法右键双击甲基上一个氢原子，再连接一个甲基，这样连上六个甲基，就是正己烷了。

13楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-12 09:58:30
对了，这个连接好之后应该要做一下能量最小化吧...

10楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 19:35:41
你不用导入己烷。用pymol，先导入你的多肽。用鼠标右键双击连接己烷的位点，直到那个位置的原子变成白色绷带一样的球形。如果那个原子上有氢原子，需要被取代掉，那就右键双击那个氢原子。

16楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-16 09:23:19
gromacs表示我的初始结构画的不太好，应该用什么软件加以优化...