应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接
51/1返回列表
查看: 1336  |  回复: 24
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)

[求助] 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接 已有1人参与

我现在要做一个模拟，其中要用到的主要物质是一条肽链，但是这个肽链的侧链有一个烷基基团，我想请问一下有没有什么软件可以实现让一个侧链连在肽链上，并且我要生成它的pdb文件
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
我有我世界。。。
1楼 2014-09-09 10:54:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 18:28:38
楼主你下载好软件没？我刚才试了一下，你要是安装schrodinger费劲，你弄个pymol,也行。
pymol，在windows下，先安装一个python编译软件，就能安装pymol了。

我是在linux下的，pymol我装好了，我在导入己烷之后就找不到原来的分子了，其实是用autodocktools,你会用吗。schrodinger我下了但是不知道怎么破解
赞一下 回复此楼
我有我世界。。。
8楼2014-09-11 19:15:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 25 个回答

fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
还用gromacs干嘛呀，直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做，不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。
赞一下 回复此楼
我很喜欢计算机辅助药物设计
2楼2014-09-10 17:10:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-10 17:10:43
还用gromacs干嘛呀，直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做，不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。

主要我还不太了解这个领域，我想请问一下，这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗？谢谢啦
赞一下 回复此楼
我有我世界。。。
3楼2014-09-11 09:22:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 09:22:12
主要我还不太了解这个领域，我想请问一下，这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗？谢谢啦...

可以的。是个结构编辑软件，都可以弄得。工作过程就是，把你的肽链结构文件载入，用结构编辑功能，去掉相应位置的氢原子，再加上一个烃基，做个能量最小化啥的，就行了。你问问你们实验室用的是哪个结构编辑软件，我试一试之后把步骤告诉你，你再用在你自己的肽链上。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xxj9618
我很喜欢计算机辅助药物设计
4楼2014-09-11 10:11:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 25 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料类284调剂 +32 想换手机不想解� 2026-04-08 37/1850 2026-04-09 23:20 by parmtree
[考研] 286求调剂 +6 草木不言 2026-04-04 6/300 2026-04-09 21:06 by 286640313
[考研] 296求调剂 +6 汪！？！ 2026-04-09 6/300 2026-04-09 20:49 by lbsjt
[考研] 297求调剂 +22 ljy20040718！ 2026-04-03 24/1200 2026-04-09 20:48 by yanenwang
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +18 梁富贵险中求 2026-04-04 20/1000 2026-04-09 11:18 by 哒哒哒呱呱呱
[考研] 0860004 求调剂 309分 +6 Yin DY 2026-04-09 6/300 2026-04-09 10:19 by 啊李999
[考研] 277求调剂 +16 倪建设 2026-04-06 16/800 2026-04-08 21:28 by zhouxiaoyu
[考研] 312求调剂 +4 Say Never 2026-04-04 4/200 2026-04-08 08:41 by barlinike
[考研] 11408 325分 +3 jgtxuxgkx 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:10 by lbsjt
[考研] 338求调剂 +5 小猪红色 678 2026-04-06 6/300 2026-04-07 21:18 by 乔哒哒哒
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-07 11/550 2026-04-07 15:13 by shdgaomin
[考研] 295求调剂 +18 xndjjj 2026-04-04 19/950 2026-04-07 11:02 by wangjy2002
[考研] 312求调剂 +4 LR6 2026-04-06 4/200 2026-04-07 08:42 by jp9609
[考研] 华南理工0703化学，总分336求调剂 +10 手机用户 2026-04-03 11/550 2026-04-06 22:20 by michael2011
[考研] 生物学求调剂 一志愿沪9，326分 +6 刘墨墨 2026-04-06 6/300 2026-04-06 19:36 by lijunpoly
[考研] 材料调剂 +5 小刘同学吖吖 2026-04-06 5/250 2026-04-06 18:34 by sherry_1901
[考研] 生物与医药086000调剂一志愿西北农林320分 +3 美美女士 2026-04-03 3/150 2026-04-05 21:55 by 学员8dgXkO
[考研] 308求调剂 +4 maverick^_^ 2026-04-03 4/200 2026-04-05 19:08 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358求调剂 +4 cs0106 2026-04-04 4/200 2026-04-05 18:46 by imissbao
[考研] 283求调剂 +4 mcbbc 2026-04-03 5/250 2026-04-04 20:51 by imissbao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭