24小时热门版块排行榜    

查看: 1483  |  回复: 24
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)

[求助] 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接 已有1人参与

我现在要做一个模拟,其中要用到的主要物质是一条肽链,但是这个肽链的侧链有一个烷基基团,我想请问一下有没有什么软件可以实现让一个侧链连在肽链上,并且我要生成它的pdb文件
回复此楼
我有我世界。。。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 18:28:38
楼主你下载好软件没?我刚才试了一下,你要是安装schrodinger费劲,你弄个pymol,也行。
pymol,在windows下,先安装一个python编译软件,就能安装pymol了。

我是在linux下的,pymol我装好了,我在导入己烷之后就找不到原来的分子了,其实是用autodocktools,你会用吗。schrodinger我下了但是不知道怎么破解
我有我世界。。。
8楼2014-09-11 19:15:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 25 个回答

fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
还用gromacs干嘛呀,直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做,不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。
我很喜欢计算机辅助药物设计
2楼2014-09-10 17:10:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-10 17:10:43
还用gromacs干嘛呀,直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做,不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。

主要我还不太了解这个领域,我想请问一下,这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗?谢谢啦
我有我世界。。。
3楼2014-09-11 09:22:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 09:22:12
主要我还不太了解这个领域,我想请问一下,这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗?谢谢啦...

可以的。是个结构编辑软件,都可以弄得。工作过程就是,把你的肽链结构文件载入,用结构编辑功能,去掉相应位置的氢原子,再加上一个烃基,做个能量最小化啥的,就行了。你问问你们实验室用的是哪个结构编辑软件,我试一试之后把步骤告诉你,你再用在你自己的肽链上。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

我很喜欢计算机辅助药物设计
4楼2014-09-11 10:11:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +7 瞬息宇宙 2026-09-01 14/700 2026-09-02 17:33 by ma0526
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
信息提示
请填处理意见