24小时热门版块排行榜    

查看: 1284  |  回复: 24
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)

[求助] 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接 已有1人参与

我现在要做一个模拟,其中要用到的主要物质是一条肽链,但是这个肽链的侧链有一个烷基基团,我想请问一下有没有什么软件可以实现让一个侧链连在肽链上,并且我要生成它的pdb文件
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

我有我世界。。。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 19:15:57
我是在linux下的,pymol我装好了,我在导入己烷之后就找不到原来的分子了,其实是用autodocktools,你会用吗。schrodinger我下了但是不知道怎么破解...

己烷,六个碳啊,用pymol导入六次甲基,就成了己烷了。autodocktools,我电脑上没装,也从来没用过。
我很喜欢计算机辅助药物设计
9楼2014-09-11 19:32:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 25 个回答

fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
还用gromacs干嘛呀,直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做,不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。
我很喜欢计算机辅助药物设计
2楼2014-09-10 17:10:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-10 17:10:43
还用gromacs干嘛呀,直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做,不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。

主要我还不太了解这个领域,我想请问一下,这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗?谢谢啦
我有我世界。。。
3楼2014-09-11 09:22:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 09:22:12
主要我还不太了解这个领域,我想请问一下,这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗?谢谢啦...

可以的。是个结构编辑软件,都可以弄得。工作过程就是,把你的肽链结构文件载入,用结构编辑功能,去掉相应位置的氢原子,再加上一个烃基,做个能量最小化啥的,就行了。你问问你们实验室用的是哪个结构编辑软件,我试一试之后把步骤告诉你,你再用在你自己的肽链上。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

我很喜欢计算机辅助药物设计
4楼2014-09-11 10:11:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研化学学硕调剂,一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 290求调剂 +6 孔志浩 2026-03-12 11/550 2026-03-17 14:41 by 周舟舟77
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨; 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 机械专硕325,寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 331求调剂(0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 285 求调剂 资源与环境 一志愿北京化工大学 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:04 by JourneyLucky
[考研] 337一志愿华南理工0805材料求调剂 +7 mysdl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 22:43 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 314求调剂 +7 无懈可击的巨人 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 309分请求调剂 +7 dtdxzxx 2026-03-12 8/400 2026-03-13 14:43 by jxchenghu
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
[考研] 333求调剂 +3 152697 2026-03-12 4/200 2026-03-13 07:08 by Iveryant
信息提示
请填处理意见