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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接
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xxj9618

银虫 (初入文坛)

[求助] 我想用一个软件实现肽链和一个烷基侧链的链接 已有1人参与

我现在要做一个模拟，其中要用到的主要物质是一条肽链，但是这个肽链的侧链有一个烷基基团，我想请问一下有没有什么软件可以实现让一个侧链连在肽链上，并且我要生成它的pdb文件
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我有我世界。。。
1楼 2014-09-09 10:54:51
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
21楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-16 14:18:52
刚才一直没在线。还是自己操作一遍比较好。你还是先弄个安装文件，淘宝上也有，自己安装上，然后我告诉你操作步骤。...

额，好吧，我自己来，不过我现在遇到这样的问题
Fatal error:
Atom HN1 in residue VAL 1 was not found in rtp entry VAL with 10 atoms
while sorting atoms.

For a hydrogen, this can be a different protonation state, or it
might have had a different number in the PDB file and was rebuilt
(it might for instance have been H3, and we only expected H1 & H2).
Note that hydrogens might have been added to the entry for the N-terminus.
Remove this hydrogen or choose a different protonation state to solve it.
Option -ignh will ignore all hydrogens in the input.
我知道肯定是因为用己基替换了h导致的，但是我不知道现在该怎么办
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我有我世界。。。
24楼2014-09-17 13:59:55
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fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
还用gromacs干嘛呀，直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做，不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
2楼2014-09-10 17:10:43
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-10 17:10:43
还用gromacs干嘛呀，直接弄个分子编辑软件就行啊。弄个schrodinger之类的。
其他人说用pymol也能做，不过我没试过。只要是有“结构编辑”功能的软件就行。

主要我还不太了解这个领域，我想请问一下，这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗？谢谢啦
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我有我世界。。。
3楼2014-09-11 09:22:12
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xxj9618 at 2014-09-11 09:22:12
主要我还不太了解这个领域，我想请问一下，这个schrodinger能实现用一个己基取代掉上面的一个氢吗？谢谢啦...

可以的。是个结构编辑软件，都可以弄得。工作过程就是，把你的肽链结构文件载入，用结构编辑功能，去掉相应位置的氢原子，再加上一个烃基，做个能量最小化啥的，就行了。你问问你们实验室用的是哪个结构编辑软件，我试一试之后把步骤告诉你，你再用在你自己的肽链上。
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xxj9618
我很喜欢计算机辅助药物设计
4楼2014-09-11 10:11:08
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