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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » PDB文件预处理
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newscat1993

木虫 (小有名气)

[求助] PDB文件预处理

从protein data bank获得的PDB文件，在进行tleap加氢之前应该具体怎么样进行预处理？我想手动通过notepad进行预处理。从资料来看需要把HIS改成HIE或者HID或者HIP，CYS改成CYX，还有将HETATM，CONNECT部分删除，还有别的要补充修改的吗？
预处理结束的文件在进行AMBER模拟之前是不是一定要minimization一下？能否直接heat？
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Rex.soul
1楼 2012-11-14 21:44:18
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whzwcm

木虫 (著名写手)

劲升
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 模拟EPI-1, 非应助回帖的内容，请不要点应助回帖哦，下次要扣金币喽 2012-11-15 08:12:49
jiaoyixiong: 模拟EPI+1 2012-11-15 08:13:57
jiaoyixiong: 应助指数-1, 非应助回帖的内容，请不要点应助回帖哦，下次要扣金币喽，抱歉，前面弄错了 2012-11-15 08:14:31
对这方面的知识没理解过，向你学习学习
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Believe myself!有志者事意成，加油！
2楼2012-11-14 22:09:15
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

taoyunwen

禁虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-17 15:48:27
本帖内容被屏蔽
7楼2012-11-17 12:25:14
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普通回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-15 14:14:17
newscat1993: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-11-19 12:15:01
tleap处理就看你的需要了 你说的几个都是常见的 只要pdb文件是规范的 通常识别起来问题不大 你只要根据需要设定质子化状态等
minimization一定要做 否则可能出现能量异常 错误崩溃
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3楼2012-11-15 10:46:55
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newscat1993

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-15 10:46:55
tleap处理就看你的需要了 你说的几个都是常见的 只要pdb文件是规范的 通常识别起来问题不大 你只要根据需要设定质子化状态等
minimization一定要做 否则可能出现能量异常 错误崩溃

根据需要设定质子化状态不是很理解，能否说明一下？对于从protein data bank中获取的文件，如果只保留ATOM部分，将SITE，SHEET，REMARK部分的内容删除会对SANDER中的计算有什么影响吗？
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Rex.soul
4楼2012-11-15 16:01:39
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arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-17 15:48:19
newscat1993: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-11-19 12:15:15
newscat1993: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-11-19 12:15:56
那些都可以删。质子化状态就是你做的环境下，那个残基是处在什么形式的，然后HIS的residue号要做相应的酸碱形式的修改，CYX是有形成二硫键的CYS才改。
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5楼2012-11-16 23:33:18
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newscat1993

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by arthurii at 2012-11-16 23:33:18
那些都可以删。质子化状态就是你做的环境下，那个残基是处在什么形式的，然后HIS的residue号要做相应的酸碱形式的修改，CYX是有形成二硫键的CYS才改。

如何判断是否形成二硫键？
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Rex.soul
6楼2012-11-16 23:46:30
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
5楼: Originally posted by arthurii at 2012-11-16 23:33:18
那些都可以删。质子化状态就是你做的环境下，那个残基是处在什么形式的，然后HIS的residue号要做相应的酸碱形式的修改，CYX是有形成二硫键的CYS才改。

只要是蛋白里有CYX形成的二硫键就都要改过来吗？只保留ATOM部分的坐标吗？那么电荷该怎么加呢？谢谢
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
8楼2012-11-26 16:12:31
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newscat1993

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 游子8921 at 2012-11-26 16:12:31
只要是蛋白里有CYX形成的二硫键就都要改过来吗？只保留ATOM部分的坐标吗？那么电荷该怎么加呢？谢谢...

我用tleap试了一下，它会自动帮你纠正。我做PDB的时候只保留的ATOM部分，其他的没管。电荷：>addions model Na+/Cl- 0
其中model是在tleap中你load的PDB的名字，正负电荷根据你的PDB文件的正负添加。
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Rex.soul
9楼2012-11-26 16:52:37
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arthurii

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 游子8921 at 2012-11-26 16:12:31
只要是蛋白里有CYX形成的二硫键就都要改过来吗？只保留ATOM部分的坐标吗？那么电荷该怎么加呢？谢谢...

都要改，不改的话就会识别成CYS，然后给你加氢了，变成-SH了。电荷是tleap按照力场添加的，导入的时候自动处理。你改一下residue编号就好了。
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10楼2012-11-28 10:00:28
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