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newscat1993木虫 (小有名气)
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[求助]
PDB文件预处理
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从protein data bank获得的PDB文件，在进行tleap加氢之前应该具体怎么样进行预处理？我想手动通过notepad进行预处理。从资料来看需要把HIS改成HIE或者HID或者HIP，CYS改成CYX，还有将HETATM，CONNECT部分删除，还有别的要补充修改的吗？ 预处理结束的文件在进行AMBER模拟之前是不是一定要minimization一下？能否直接heat？ |
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 amber |
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