应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl8.0 surflex-docking问题
51/1返回列表
查看: 1359  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

869584664

金虫 (小有名气)

[交流] sybyl8.0 surflex-docking问题

本人刚开始做分子对接，属于菜鸟级的，用的是sybyl8.0 surflex-docking，小分子是自己实验室合成的，细胞实验有一定活性，作用的受体还没有确定，但有几个可能的作用蛋白质，在PDB找了其相关的蛋白配体结合物晶体结构，找到的比较多，一个一个进行对接，速度较慢，有没有批量预处理、分子对接的方法啊？
  （本人觉得批量对接的话，应该需要构建可执行的文件，在sybyl8.0中，SPL好象具有类似的功能，看了看介绍，用的都是编程的语言，太复杂了）
求助中。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-07-04 14:22:23
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gremangen

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
869584664: 金币+2, 谢谢参与 2012-07-04 21:47:22
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-04 23:31:55
可以做一个小分子化合物库，然后用小分子库与受体蛋白质进行对接就可以了！
赞一下 回复此楼
2楼2012-07-04 21:37:13
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

869584664

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gremangen at 2012-07-04 21:37:13
可以做一个小分子化合物库，然后用小分子库与受体蛋白质进行对接就可以了！

我的化合物就一个，做了一个simulation，保存为SLN file 通过分子对接 找结合的最适构象
受体蛋白是不确定的，想要找的就是受体！
赞一下 回复此楼
3楼2012-07-04 21:46:53
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gremangen

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
869584664: 金币+8, 最多给十个金币 只能这么多了 2012-07-04 22:24:03
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-04 23:32:13
引用回帖:
3楼: Originally posted by 869584664 at 2012-07-04 21:46:53
我的化合物就一个，做了一个simulation，保存为SLN file 通过分子对接 找结合的最适构象
受体蛋白是不确定的，想要找的就是受体！...

你可以将你的一个分子与已知的受体配体分子进行叠合计算相似度，根据匹配，相似度进行筛选配体，这样就可以找到比较合适的蛋白质受体，然后在进行对接就可以了！
赞一下 回复此楼
4楼2012-07-04 21:58:46
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

869584664

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gremangen at 2012-07-04 21:58:46
你可以将你的一个分子与已知的受体配体分子进行叠合计算相似度，根据匹配，相似度进行筛选配体，这样就可以找到比较合适的蛋白质受体，然后在进行对接就可以了！...

好的
回复此楼
5楼2012-07-04 22:21:17
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 869584664 的主题更新
51/1返回列表
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 279学硕食品专业求调剂院校 20+4 孤独的狼爱吃羊 2026-04-12 18/900 2026-04-13 01:17 by 幸免 ..
[考研] 279求调剂 +9 张番茄不炒蛋 2026-04-11 9/450 2026-04-12 22:22 by paopaotu326
[考研] 考研求调剂 +5 子木呐 2026-04-12 5/250 2026-04-12 22:15 by paopaotu326
[考研] 电子信息270求调剂 +18 terminal469 2026-04-07 18/900 2026-04-12 16:23 by ajpv风雷
[考研] 322求调剂 +6 123安康 2026-04-12 13/650 2026-04-12 15:51 by 123安康
[考研] 286求调剂 +26 Faune 2026-04-06 26/1300 2026-04-12 10:24 by lhj2009
[考研] 312求调剂 +6 李鸿飞飞 2026-04-06 6/300 2026-04-12 00:34 by 蓝云思雨
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 085500求调剂材料 +10 易11122 2026-04-09 10/500 2026-04-11 10:39 by maddjdld
[考研] 生物学调剂 +8 小冉要努力 2026-04-10 9/450 2026-04-11 10:22 by wwj2530616
[考研] 085402通信工程调剂，有4项学科竞赛国奖（电赛国二），硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 调剂 +12 卷卷卷心菜_ 2026-04-09 13/650 2026-04-10 22:36 by Ftglcn90
[考研] 材料专业344求调剂 +16 hualkop 2026-04-10 21/1050 2026-04-10 17:28 by laoshidan
[考研] 初试261 +3 Asht少 2026-04-10 6/300 2026-04-10 16:38 by Asht少
[考研] 0703化学求调剂 +21 不知名的小卅 2026-04-08 21/1050 2026-04-09 18:55 by l_paradox
[考研] 材料307分求大佬组收留 +17 Hll胡 2026-04-07 17/850 2026-04-09 10:53 by liuhuiying09
[考研] 二次调剂求老师收留 +3 笑笑袁 2026-04-08 3/150 2026-04-08 23:50 by 醉在风里
[考研] 一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂 +10 努力奋斗112 2026-04-07 10/500 2026-04-08 15:01 by screening
[考研] 323求调剂 +3 林zlu 2026-04-07 4/200 2026-04-07 23:21 by lbsjt
[考研] 求助 +3 卡卡东88 2026-04-06 4/200 2026-04-06 15:28 by going home
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭