24小时热门版块排行榜    

查看: 1512  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

869584664

金虫 (小有名气)


[交流] sybyl8.0 surflex-docking问题

本人刚开始做分子对接,属于菜鸟级的,用的是sybyl8.0 surflex-docking,小分子是自己实验室合成的,细胞实验有一定活性,作用的受体还没有确定,但有几个可能的作用蛋白质,在PDB找了其相关的蛋白配体结合物晶体结构,找到的比较多,一个一个进行对接,速度较慢,有没有批量预处理、分子对接的方法啊?
  (本人觉得批量对接的话,应该需要构建可执行的文件,在sybyl8.0中,SPL好象具有类似的功能,看了看介绍,用的都是编程的语言,太复杂了)
求助中。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

869584664

金虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by gremangen at 2012-07-04 21:37:13
可以做一个小分子化合物库,然后用小分子库与受体蛋白质进行对接就可以了!

我的化合物就一个,做了一个simulation,保存为SLN file 通过分子对接 找结合的最适构象
受体蛋白是不确定的,想要找的就是受体!
3楼2012-07-04 21:46:53
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

gremangen

金虫 (初入文坛)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
869584664: 金币+2, 谢谢参与 2012-07-04 21:47:22
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-04 23:31:55
可以做一个小分子化合物库,然后用小分子库与受体蛋白质进行对接就可以了!
2楼2012-07-04 21:37:13
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gremangen

金虫 (初入文坛)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
869584664: 金币+8, 最多给十个金币 只能这么多了 2012-07-04 22:24:03
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-04 23:32:13
引用回帖:
3楼: Originally posted by 869584664 at 2012-07-04 21:46:53
我的化合物就一个,做了一个simulation,保存为SLN file 通过分子对接 找结合的最适构象
受体蛋白是不确定的,想要找的就是受体!...

你可以将你的一个分子与已知的受体配体分子进行叠合计算相似度,根据匹配,相似度进行筛选配体,这样就可以找到比较合适的蛋白质受体,然后在进行对接就可以了!
4楼2012-07-04 21:58:46
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

869584664

金虫 (小有名气)


引用回帖:
4楼: Originally posted by gremangen at 2012-07-04 21:58:46
你可以将你的一个分子与已知的受体配体分子进行叠合计算相似度,根据匹配,相似度进行筛选配体,这样就可以找到比较合适的蛋白质受体,然后在进行对接就可以了!...

好的
5楼2012-07-04 22:21:17
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +5 zju2000 2026-08-16 5/250 2026-08-16 23:23 by Haru815
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +32 医学老男孩 2026-08-13 74/3700 2026-08-16 21:05 by 医学老男孩
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +11 家与远方 2026-08-10 16/800 2026-08-16 10:28 by ray43
[基金申请] filecode +8 cratir 2026-08-14 12/600 2026-08-15 18:08 by zyfgau
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
信息提示
请填处理意见