应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl8.0 surflex-docking问题
51/1返回列表
查看: 1377  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

869584664

金虫 (小有名气)

[交流] sybyl8.0 surflex-docking问题

本人刚开始做分子对接，属于菜鸟级的，用的是sybyl8.0 surflex-docking，小分子是自己实验室合成的，细胞实验有一定活性，作用的受体还没有确定，但有几个可能的作用蛋白质，在PDB找了其相关的蛋白配体结合物晶体结构，找到的比较多，一个一个进行对接，速度较慢，有没有批量预处理、分子对接的方法啊？
  （本人觉得批量对接的话，应该需要构建可执行的文件，在sybyl8.0中，SPL好象具有类似的功能，看了看介绍，用的都是编程的语言，太复杂了）
求助中。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-07-04 14:22:23
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gremangen

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
869584664: 金币+2, 谢谢参与 2012-07-04 21:47:22
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-04 23:31:55
可以做一个小分子化合物库，然后用小分子库与受体蛋白质进行对接就可以了！
赞一下 回复此楼
2楼2012-07-04 21:37:13
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

869584664

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gremangen at 2012-07-04 21:37:13
可以做一个小分子化合物库，然后用小分子库与受体蛋白质进行对接就可以了！

我的化合物就一个，做了一个simulation，保存为SLN file 通过分子对接 找结合的最适构象
受体蛋白是不确定的，想要找的就是受体！
赞一下 回复此楼
3楼2012-07-04 21:46:53
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gremangen

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
869584664: 金币+8, 最多给十个金币 只能这么多了 2012-07-04 22:24:03
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-04 23:32:13
引用回帖:
3楼: Originally posted by 869584664 at 2012-07-04 21:46:53
我的化合物就一个，做了一个simulation，保存为SLN file 通过分子对接 找结合的最适构象
受体蛋白是不确定的，想要找的就是受体！...

你可以将你的一个分子与已知的受体配体分子进行叠合计算相似度，根据匹配，相似度进行筛选配体，这样就可以找到比较合适的蛋白质受体，然后在进行对接就可以了！
赞一下 回复此楼
4楼2012-07-04 21:58:46
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

869584664

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gremangen at 2012-07-04 21:58:46
你可以将你的一个分子与已知的受体配体分子进行叠合计算相似度，根据匹配，相似度进行筛选配体，这样就可以找到比较合适的蛋白质受体，然后在进行对接就可以了！...

好的
回复此楼
5楼2012-07-04 22:21:17
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 869584664 的主题更新
51/1返回列表
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 297，工科调剂? +11 河南农业大学-能 2026-04-14 11/550 2026-04-19 20:07 by Equinoxhua
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 求调剂推荐 +9 小聂爱学习 2026-04-14 9/450 2026-04-19 17:03 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 291求调剂 +12 关忆北. 2026-04-14 13/650 2026-04-19 16:50 by 中豫男
[考研] 085404 22408 309分求调剂 +10 lzmk 2026-04-14 11/550 2026-04-19 16:42 by 中豫男
[考研] 307中医考研调剂 +9 于以采蘩 2026-04-14 9/450 2026-04-19 08:41 by 烟雨流涯
[考研] 294求调剂 +15 淡然654321 2026-04-15 15/750 2026-04-19 08:20 by cuisz
[考研] 一志愿沪9，326求生物学调剂 +12 刘墨墨 2026-04-13 12/600 2026-04-18 23:31 by 路病情
[考研] 320求调剂 +5 深郊akm 2026-04-17 5/250 2026-04-18 19:52 by 王珺璞
[考研] 收到复试调剂但是去不了 +8 小蜗牛* 2026-04-16 8/400 2026-04-18 11:15 by zixin2025
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 化工学硕294分，求导师收留 +33 yzyzx 2026-04-12 37/1850 2026-04-17 23:00 by wunaiy88
[考研] 一志愿华中农业071010，320求调剂 +17 困困困困坤坤 2026-04-14 19/950 2026-04-17 20:08 by 关一盏灯cd
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 295分求调剂 +5 ?要上岸? 2026-04-17 5/250 2026-04-17 16:51 by fenglj492
[考研] 297，工科调剂?河南农业大学本科 +14 河南农业大学-能 2026-04-14 14/700 2026-04-16 14:41 by dingyanbo1
[考研] 求调剂学校 +14 不会吃肉 2026-04-13 16/800 2026-04-15 21:59 by noqvsozv
[考研] 297工科调剂? +14 河南农业大学-能 2026-04-13 15/750 2026-04-15 13:25 by 黑科技矿业
[考研] 085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂 +6 王ymaa 2026-04-13 13/650 2026-04-14 11:33 by 王ymaa
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭