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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl8.0 surflex-docking问题
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869584664

金虫 (小有名气)

[交流] sybyl8.0 surflex-docking问题

本人刚开始做分子对接，属于菜鸟级的，用的是sybyl8.0 surflex-docking，小分子是自己实验室合成的，细胞实验有一定活性，作用的受体还没有确定，但有几个可能的作用蛋白质，在PDB找了其相关的蛋白配体结合物晶体结构，找到的比较多，一个一个进行对接，速度较慢，有没有批量预处理、分子对接的方法啊？
  （本人觉得批量对接的话，应该需要构建可执行的文件，在sybyl8.0中，SPL好象具有类似的功能，看了看介绍，用的都是编程的语言，太复杂了）
求助中。。。
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1楼 2012-07-04 14:22:23
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gremangen

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
869584664: 金币+8, 最多给十个金币 只能这么多了 2012-07-04 22:24:03
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-04 23:32:13
引用回帖:
3楼: Originally posted by 869584664 at 2012-07-04 21:46:53
我的化合物就一个，做了一个simulation，保存为SLN file 通过分子对接 找结合的最适构象
受体蛋白是不确定的，想要找的就是受体！...

你可以将你的一个分子与已知的受体配体分子进行叠合计算相似度，根据匹配，相似度进行筛选配体，这样就可以找到比较合适的蛋白质受体，然后在进行对接就可以了！
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4楼2012-07-04 21:58:46
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gremangen

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
869584664: 金币+2, 谢谢参与 2012-07-04 21:47:22
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-04 23:31:55
可以做一个小分子化合物库，然后用小分子库与受体蛋白质进行对接就可以了！
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2楼2012-07-04 21:37:13
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869584664

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gremangen at 2012-07-04 21:37:13
可以做一个小分子化合物库，然后用小分子库与受体蛋白质进行对接就可以了！

我的化合物就一个，做了一个simulation，保存为SLN file 通过分子对接 找结合的最适构象
受体蛋白是不确定的，想要找的就是受体！
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3楼2012-07-04 21:46:53
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869584664

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gremangen at 2012-07-04 21:58:46
你可以将你的一个分子与已知的受体配体分子进行叠合计算相似度，根据匹配，相似度进行筛选配体，这样就可以找到比较合适的蛋白质受体，然后在进行对接就可以了！...

好的
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5楼2012-07-04 22:21:17
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