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汕头大学海洋科学接受调剂
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869584664

金虫 (小有名气)


[交流] sybyl8.0 surflex-docking问题

本人刚开始做分子对接,属于菜鸟级的,用的是sybyl8.0 surflex-docking,小分子是自己实验室合成的,细胞实验有一定活性,作用的受体还没有确定,但有几个可能的作用蛋白质,在PDB找了其相关的蛋白配体结合物晶体结构,找到的比较多,一个一个进行对接,速度较慢,有没有批量预处理、分子对接的方法啊?
  (本人觉得批量对接的话,应该需要构建可执行的文件,在sybyl8.0中,SPL好象具有类似的功能,看了看介绍,用的都是编程的语言,太复杂了)
求助中。。。
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869584664

金虫 (小有名气)


引用回帖:
4楼: Originally posted by gremangen at 2012-07-04 21:58:46
你可以将你的一个分子与已知的受体配体分子进行叠合计算相似度,根据匹配,相似度进行筛选配体,这样就可以找到比较合适的蛋白质受体,然后在进行对接就可以了!...

好的
5楼2012-07-04 22:21:17
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gremangen

金虫 (初入文坛)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
869584664: 金币+2, 谢谢参与 2012-07-04 21:47:22
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-04 23:31:55
可以做一个小分子化合物库,然后用小分子库与受体蛋白质进行对接就可以了!
2楼2012-07-04 21:37:13
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869584664

金虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by gremangen at 2012-07-04 21:37:13
可以做一个小分子化合物库,然后用小分子库与受体蛋白质进行对接就可以了!

我的化合物就一个,做了一个simulation,保存为SLN file 通过分子对接 找结合的最适构象
受体蛋白是不确定的,想要找的就是受体!
3楼2012-07-04 21:46:53
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gremangen

金虫 (初入文坛)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
869584664: 金币+8, 最多给十个金币 只能这么多了 2012-07-04 22:24:03
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-04 23:32:13
引用回帖:
3楼: Originally posted by 869584664 at 2012-07-04 21:46:53
我的化合物就一个,做了一个simulation,保存为SLN file 通过分子对接 找结合的最适构象
受体蛋白是不确定的,想要找的就是受体!...

你可以将你的一个分子与已知的受体配体分子进行叠合计算相似度,根据匹配,相似度进行筛选配体,这样就可以找到比较合适的蛋白质受体,然后在进行对接就可以了!
4楼2012-07-04 21:58:46
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