| 查看: 3053 | 回复: 12 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
newscat1993木虫 (小有名气)
|
[求助]
PDB文件预处理
|
||
|
从protein data bank获得的PDB文件，在进行tleap加氢之前应该具体怎么样进行预处理？我想手动通过notepad进行预处理。从资料来看需要把HIS改成HIE或者HID或者HIP，CYS改成CYX，还有将HETATM，CONNECT部分删除，还有别的要补充修改的吗？ 预处理结束的文件在进行AMBER模拟之前是不是一定要minimization一下？能否直接heat？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 amber |
» 猜你喜欢
职称评审没过，求安慰
已经有55人回复
-
最近几年招的学生写论文不引自己组发的文章
已经有5人回复
-
26申博自荐
已经有3人回复
-
A期刊撤稿
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于病毒免疫方面抗原表位预测的经验分析
已经有17人回复
- sybyl8.0 surflex-docking问题
已经有4人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 【分享】生物信息学与功能基因组学
已经有26人回复
- 生物学软件介绍及其下载地址【学生物的会很有用】
已经有24人回复
arthurii
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 3025.8
- 红花: 2
- 帖子: 902
- 在线: 207.3小时
- 虫号: 816600
- 注册: 2009-07-27
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
5楼2012-11-16 23:33:18
whzwcm
木虫 (著名写手)
劲升
- 模拟EPI: 1
- 应助: 84 (初中生)
- 金币: 1955.2
- 红花: 2
- 帖子: 1096
- 在线: 68.7小时
- 虫号: 1544778
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 可再生与替代能源利用中的
对这方面的知识没理解过，向你学习学习2楼2012-11-14 22:09:15
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2012-11-15 10:46:55
newscat1993
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3646.8
- 散金: 50
- 红花: 1
- 帖子: 166
- 在线: 110.1小时
- 虫号: 1964697
- 注册: 2012-08-30
- 性别: GG
- 专业: 药剂学
4楼2012-11-15 16:01:39