应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » PDB文件预处理
51/1返回列表
查看: 3535  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

newscat1993

木虫 (小有名气)

[求助] PDB文件预处理

从protein data bank获得的PDB文件，在进行tleap加氢之前应该具体怎么样进行预处理？我想手动通过notepad进行预处理。从资料来看需要把HIS改成HIE或者HID或者HIP，CYS改成CYX，还有将HETATM，CONNECT部分删除，还有别的要补充修改的吗？
预处理结束的文件在进行AMBER模拟之前是不是一定要minimization一下？能否直接heat？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
Rex.soul
1楼 2012-11-14 21:44:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-17 15:48:19
newscat1993: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-11-19 12:15:15
newscat1993: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-11-19 12:15:56
那些都可以删。质子化状态就是你做的环境下，那个残基是处在什么形式的，然后HIS的residue号要做相应的酸碱形式的修改，CYX是有形成二硫键的CYS才改。
赞一下 回复此楼
5楼2012-11-16 23:33:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

whzwcm

木虫 (著名写手)

劲升
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 模拟EPI-1, 非应助回帖的内容，请不要点应助回帖哦，下次要扣金币喽 2012-11-15 08:12:49
jiaoyixiong: 模拟EPI+1 2012-11-15 08:13:57
jiaoyixiong: 应助指数-1, 非应助回帖的内容，请不要点应助回帖哦，下次要扣金币喽，抱歉，前面弄错了 2012-11-15 08:14:31
对这方面的知识没理解过，向你学习学习
赞一下 回复此楼
Believe myself!有志者事意成，加油！
2楼2012-11-14 22:09:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-15 14:14:17
newscat1993: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-11-19 12:15:01
tleap处理就看你的需要了 你说的几个都是常见的 只要pdb文件是规范的 通常识别起来问题不大 你只要根据需要设定质子化状态等
minimization一定要做 否则可能出现能量异常 错误崩溃
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-15 10:46:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

newscat1993

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-15 10:46:55
tleap处理就看你的需要了 你说的几个都是常见的 只要pdb文件是规范的 通常识别起来问题不大 你只要根据需要设定质子化状态等
minimization一定要做 否则可能出现能量异常 错误崩溃

根据需要设定质子化状态不是很理解，能否说明一下？对于从protein data bank中获取的文件，如果只保留ATOM部分，将SITE，SHEET，REMARK部分的内容删除会对SANDER中的计算有什么影响吗？
赞一下 回复此楼
Rex.soul
4楼2012-11-15 16:01:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 大佬帮着分析今年的评审意见？该课题连续申请了三年了，明年要不要换个方向。 100+3 cai-11138 2026-08-31 11/550 2026-09-06 20:49 by archvillain
[文学芳草园] 两块石头 +7 阿美_Lml888 2026-09-03 10/500 2026-09-06 20:08 by 阿美_Lml888
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 19:21 by eObJPa4gWmp6
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 6/300 2026-09-06 18:41 by eObJPa4gWmp6
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 6/300 2026-09-06 18:21 by eObJPa4gWmp6
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 6/300 2026-09-06 18:09 by eObJPa4gWmp6
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 8/400 2026-09-06 17:49 by eObJPa4gWmp6
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 6/300 2026-09-06 17:21 by eObJPa4gWmp6
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 9/450 2026-09-06 17:09 by eObJPa4gWmp6
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 8/400 2026-09-06 17:09 by eObJPa4gWmp6
[博后之家] 广西大学-广州大学招聘博士后 欢迎广大优秀人才！！！ +5 SCSIOyxguo 2026-09-03 8/400 2026-09-06 15:06 by 可爱小花朵
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 12:49 by eObJPa4gWmp6
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 12:29 by eObJPa4gWmp6
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 7/350 2026-09-06 11:20 by eObJPa4gWmp6
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 8/400 2026-09-06 11:09 by eObJPa4gWmp6
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 8/400 2026-09-06 11:00 by eObJPa4gWmp6
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 CRJ0Aq2FtVH0 2026-09-03 15/750 2026-09-06 05:48 by E1iiBLMU2XnD
[文学芳草园] 初秋的晨风 +4 阿美_Lml888 2026-09-04 6/300 2026-09-05 13:51 by 阿美_Lml888
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +6 瞬息宇宙 2026-08-31 9/450 2026-09-05 13:11 by haizai99
[硕博家园] 哈尔滨工业大学韩晓军教授课题组招收2027年硕士推免生及博士研究生 +3 灯灯灯灯DDDD 2026-09-03 3/150 2026-09-03 21:22 by 科研皮皮猪
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭