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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

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7楼: Originally posted by taoyunwen at 2012-11-17 12:25:14
找CYS 半胱氨酸 然后二硫键的话在pymol里面应该能显示出来的,因为它是共价件...

gromacs模拟前,怎么样打开二硫键?打开后怎么样往上面加氢?我想模拟二硫键断裂的情况,貌似这个指令可以打开:pdb2gmx -ignh -f 1AKI.pdb -o 1AKI.pdb -p 1AKI.top -water spce -ss,但是打开后怎么样加氢?pymol不识别二硫键打开,所以不能加氢?请问有什么办法吗?
滴答
11楼2013-04-07 22:56:41
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gengheji

金虫 (小有名气)

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5楼: Originally posted by arthurii at 2012-11-16 23:33:18
那些都可以删。质子化状态就是你做的环境下,那个残基是处在什么形式的,然后HIS的residue号要做相应的酸碱形式的修改,CYX是有形成二硫键的CYS才改。

请问,如何判断相应环境下残基的质子化状态?我试着用一个叫H++的web server 算了下自己的蛋白。怎么看出那些需要修改的残基,应该修改成怎么样的?? 除了HIS和CYS,还有其他需要修改的残基吗??
自强不息,止于至善
12楼2013-04-22 15:47:39
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金虫 (小有名气)

铁军

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3楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-15 10:46:55
tleap处理就看你的需要了 你说的几个都是常见的 只要pdb文件是规范的 通常识别起来问题不大 你只要根据需要设定质子化状态等
minimization一定要做 否则可能出现能量异常 错误崩溃

请问质子化状态具体该怎么设置呢?比如已经计算了pKa,如何判断是改成HIP,还是HID,还是HIE呢?
阿尔法狼,永远的追求!
13楼2013-05-08 17:19:12
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