应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » PDB文件预处理
132/2返回列表上一页12
查看: 3153  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by taoyunwen at 2012-11-17 12:25:14
找CYS 半胱氨酸 然后二硫键的话在pymol里面应该能显示出来的，因为它是共价件...

gromacs模拟前，怎么样打开二硫键？打开后怎么样往上面加氢？我想模拟二硫键断裂的情况，貌似这个指令可以打开：pdb2gmx -ignh -f 1AKI.pdb -o 1AKI.pdb -p 1AKI.top -water spce -ss，但是打开后怎么样加氢？pymol不识别二硫键打开，所以不能加氢？请问有什么办法吗？
赞一下 回复此楼
滴答
11楼2013-04-07 22:56:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gengheji

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by arthurii at 2012-11-16 23:33:18
那些都可以删。质子化状态就是你做的环境下，那个残基是处在什么形式的，然后HIS的residue号要做相应的酸碱形式的修改，CYX是有形成二硫键的CYS才改。

请问，如何判断相应环境下残基的质子化状态？我试着用一个叫H++的web server 算了下自己的蛋白。怎么看出那些需要修改的残基，应该修改成怎么样的？？ 除了HIS和CYS,还有其他需要修改的残基吗？？
赞一下 回复此楼
自强不息，止于至善
12楼2013-04-22 15:47:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Twitter

金虫 (小有名气)

铁军
引用回帖:
3楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-15 10:46:55
tleap处理就看你的需要了 你说的几个都是常见的 只要pdb文件是规范的 通常识别起来问题不大 你只要根据需要设定质子化状态等
minimization一定要做 否则可能出现能量异常 错误崩溃

请问质子化状态具体该怎么设置呢？比如已经计算了pKa,如何判断是改成HIP，还是HID,还是HIE呢？
赞一下 回复此楼
阿尔法狼，永远的追求！
13楼2013-05-08 17:19:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 newscat1993 的主题更新
132/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0805 316求调剂 +3 大雪深藏 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:55 by 学员8dgXkO
[考研] 307求调剂 +3 余意卿 2026-03-18 3/150 2026-03-21 17:31 by ColorlessPI
[考研] 材料 271求调剂 +5 展信悦_ 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:29 by 学员8dgXkO
[考研] 306求调剂 +4 chuanzhu川烛 2026-03-18 4/200 2026-03-21 08:25 by laoshidan
[考研] 机械专硕299求调剂至材料 +3 kkcoco25 2026-03-16 4/200 2026-03-21 03:52 by JourneyLucky
[考研] 材料专业求调剂 +6 hanamiko 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:24 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕英一数二306 +7 z1z2z3879 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:48 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂求学校推荐 +3 伯乐29 2026-03-18 5/250 2026-03-20 22:59 by JourneyLucky
[考研] 288求调剂 +16 于海海海海 2026-03-19 16/800 2026-03-20 22:28 by JourneyLucky
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 求调剂一志愿南京航空航天大学289分 +3 @taotao 2026-03-19 3/150 2026-03-20 21:34 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 08工学调剂 +5 用户573181 2026-03-20 5/250 2026-03-20 15:47 by xia_2003
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考研] 生物学调剂招人！！！ +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[考研] 一志愿福大288有机化学，求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 材料，纺织，生物（0856、0710），化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭