应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » PDB文件预处理
132/2返回列表上一页12
查看: 3141  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by taoyunwen at 2012-11-17 12:25:14
找CYS 半胱氨酸 然后二硫键的话在pymol里面应该能显示出来的，因为它是共价件...

gromacs模拟前，怎么样打开二硫键？打开后怎么样往上面加氢？我想模拟二硫键断裂的情况，貌似这个指令可以打开：pdb2gmx -ignh -f 1AKI.pdb -o 1AKI.pdb -p 1AKI.top -water spce -ss，但是打开后怎么样加氢？pymol不识别二硫键打开，所以不能加氢？请问有什么办法吗？
赞一下 回复此楼
滴答
11楼2013-04-07 22:56:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gengheji

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by arthurii at 2012-11-16 23:33:18
那些都可以删。质子化状态就是你做的环境下，那个残基是处在什么形式的，然后HIS的residue号要做相应的酸碱形式的修改，CYX是有形成二硫键的CYS才改。

请问，如何判断相应环境下残基的质子化状态？我试着用一个叫H++的web server 算了下自己的蛋白。怎么看出那些需要修改的残基，应该修改成怎么样的？？ 除了HIS和CYS,还有其他需要修改的残基吗？？
赞一下 回复此楼
自强不息，止于至善
12楼2013-04-22 15:47:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Twitter

金虫 (小有名气)

铁军
引用回帖:
3楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-15 10:46:55
tleap处理就看你的需要了 你说的几个都是常见的 只要pdb文件是规范的 通常识别起来问题不大 你只要根据需要设定质子化状态等
minimization一定要做 否则可能出现能量异常 错误崩溃

请问质子化状态具体该怎么设置呢？比如已经计算了pKa,如何判断是改成HIP，还是HID,还是HIE呢？
赞一下 回复此楼
阿尔法狼，永远的追求！
13楼2013-05-08 17:19:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 newscat1993 的主题更新
132/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料类求调剂 +11 wana_kiko 2026-02-28 14/700 2026-03-02 08:46 by 聪明的大松鼠
[考研] 322求调剂 +3 熊境喆 2026-03-01 3/150 2026-03-02 08:44 by houyaoxu
[考研] 材料复试调剂 +4 学材料的点 2026-03-01 5/250 2026-03-02 08:26 by houyaoxu
[考研] 085600 英一数二272求调剂 5+3 vida_a 2026-03-01 7/350 2026-03-02 07:51 by ms629
[考研] 0857调剂 +4 一ll半 2026-02-28 5/250 2026-03-02 02:33 by 908055542
[基金申请] 本子写完了，给DS兄弟看了，得了92分 +3 Doma 2026-03-01 7/350 2026-03-02 00:00 by jnzsy
[考研] 求调剂 +5 yunziaaaaa 2026-03-01 6/300 2026-03-01 23:57 by ccp273206157
[考研] 一志愿郑大材料学硕298分，求调剂 +5 wsl111 2026-03-01 5/250 2026-03-01 23:45 by 暮雨星晴
[考研] 26考研报考西工大材料308分求调剂 +3 weizhong123 2026-03-01 3/150 2026-03-01 21:42 by 公瑾逍遥
[考研] 0856材料求调剂 +11 hyf hyf hyf 2026-02-28 12/600 2026-03-01 18:57 by 18137688336
[考研] 291分工科求调剂 +9 science饿饿 2026-03-01 10/500 2026-03-01 18:55 by 18137688336
[考研] 材料学调剂 +9 提神豆沙包 2026-02-28 11/550 2026-03-01 18:15 by ms629
[考研] 290求调剂 +9 材料专硕调剂； 2026-02-28 11/550 2026-03-01 17:21 by sunny81
[考研] 285求调剂 +8 满头大汗的学生 2026-02-28 8/400 2026-03-01 16:47 by caszguilin
[考研] 材料工程274求调剂 +3 Lilithan 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:58 by ms629
[考研] 295复试调剂 +3 简木ChuFront 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:27 by zzxw520th
[考研] 311求调剂 +9 南迦720 2026-02-28 10/500 2026-03-01 10:55 by sunny81
[论文投稿] Optics letters投稿被拒求助 30+3 luckyry 2026-02-26 4/200 2026-03-01 09:06 by babero
[考研] 材料调剂 +4 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 4/200 2026-03-01 00:38 by 猫猫球alter
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭