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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » PDB文件预处理
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by taoyunwen at 2012-11-17 12:25:14
找CYS 半胱氨酸 然后二硫键的话在pymol里面应该能显示出来的，因为它是共价件...

gromacs模拟前，怎么样打开二硫键？打开后怎么样往上面加氢？我想模拟二硫键断裂的情况，貌似这个指令可以打开：pdb2gmx -ignh -f 1AKI.pdb -o 1AKI.pdb -p 1AKI.top -water spce -ss，但是打开后怎么样加氢？pymol不识别二硫键打开，所以不能加氢？请问有什么办法吗？
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滴答
11楼2013-04-07 22:56:41
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gengheji

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by arthurii at 2012-11-16 23:33:18
那些都可以删。质子化状态就是你做的环境下，那个残基是处在什么形式的，然后HIS的residue号要做相应的酸碱形式的修改，CYX是有形成二硫键的CYS才改。

请问，如何判断相应环境下残基的质子化状态？我试着用一个叫H++的web server 算了下自己的蛋白。怎么看出那些需要修改的残基，应该修改成怎么样的？？ 除了HIS和CYS,还有其他需要修改的残基吗？？
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自强不息，止于至善
12楼2013-04-22 15:47:39
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金虫 (小有名气)

铁军
引用回帖:
3楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-15 10:46:55
tleap处理就看你的需要了 你说的几个都是常见的 只要pdb文件是规范的 通常识别起来问题不大 你只要根据需要设定质子化状态等
minimization一定要做 否则可能出现能量异常 错误崩溃

请问质子化状态具体该怎么设置呢？比如已经计算了pKa,如何判断是改成HIP，还是HID,还是HIE呢？
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阿尔法狼，永远的追求！
13楼2013-05-08 17:19:12
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