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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » PDB文件预处理
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newscat1993

木虫 (小有名气)

[求助] PDB文件预处理

从protein data bank获得的PDB文件，在进行tleap加氢之前应该具体怎么样进行预处理？我想手动通过notepad进行预处理。从资料来看需要把HIS改成HIE或者HID或者HIP，CYS改成CYX，还有将HETATM，CONNECT部分删除，还有别的要补充修改的吗？
预处理结束的文件在进行AMBER模拟之前是不是一定要minimization一下？能否直接heat？
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Rex.soul
1楼 2012-11-14 21:44:18
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by taoyunwen at 2012-11-17 12:25:14
找CYS 半胱氨酸 然后二硫键的话在pymol里面应该能显示出来的，因为它是共价件...

gromacs模拟前，怎么样打开二硫键？打开后怎么样往上面加氢？我想模拟二硫键断裂的情况，貌似这个指令可以打开：pdb2gmx -ignh -f 1AKI.pdb -o 1AKI.pdb -p 1AKI.top -water spce -ss，但是打开后怎么样加氢？pymol不识别二硫键打开，所以不能加氢？请问有什么办法吗？
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滴答
11楼2013-04-07 22:56:41
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whzwcm

木虫 (著名写手)

劲升
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 模拟EPI-1, 非应助回帖的内容，请不要点应助回帖哦，下次要扣金币喽 2012-11-15 08:12:49
jiaoyixiong: 模拟EPI+1 2012-11-15 08:13:57
jiaoyixiong: 应助指数-1, 非应助回帖的内容，请不要点应助回帖哦，下次要扣金币喽，抱歉，前面弄错了 2012-11-15 08:14:31
对这方面的知识没理解过，向你学习学习
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Believe myself!有志者事意成，加油！
2楼2012-11-14 22:09:15
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-15 14:14:17
newscat1993: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-11-19 12:15:01
tleap处理就看你的需要了 你说的几个都是常见的 只要pdb文件是规范的 通常识别起来问题不大 你只要根据需要设定质子化状态等
minimization一定要做 否则可能出现能量异常 错误崩溃
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3楼2012-11-15 10:46:55
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newscat1993

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-15 10:46:55
tleap处理就看你的需要了 你说的几个都是常见的 只要pdb文件是规范的 通常识别起来问题不大 你只要根据需要设定质子化状态等
minimization一定要做 否则可能出现能量异常 错误崩溃

根据需要设定质子化状态不是很理解，能否说明一下？对于从protein data bank中获取的文件，如果只保留ATOM部分，将SITE，SHEET，REMARK部分的内容删除会对SANDER中的计算有什么影响吗？
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Rex.soul
4楼2012-11-15 16:01:39
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