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newscat1993

木虫 (小有名气)

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[求助] PDB文件预处理

从protein data bank获得的PDB文件，在进行tleap加氢之前应该具体怎么样进行预处理？我想手动通过notepad进行预处理。从资料来看需要把HIS改成HIE或者HID或者HIP，CYS改成CYX，还有将HETATM，CONNECT部分删除，还有别的要补充修改的吗？
预处理结束的文件在进行AMBER模拟之前是不是一定要minimization一下？能否直接heat？

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Rex.soul

1楼 2012-11-14 21:44:18

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金虫 (小有名气)

铁军

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引用回帖:

3楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-15 10:46:55
tleap处理就看你的需要了你说的几个都是常见的只要pdb文件是规范的通常识别起来问题不大你只要根据需要设定质子化状态等
minimization一定要做否则可能出现能量异常错误崩溃

请问质子化状态具体该怎么设置呢？比如已经计算了pKa,如何判断是改成HIP，还是HID,还是HIE呢？

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阿尔法狼，永远的追求！

13楼2013-05-08 17:19:12

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whzwcm

木虫 (著名写手)

劲升

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jiaoyixiong: 模拟EPI-1, 非应助回帖的内容，请不要点应助回帖哦，下次要扣金币喽 2012-11-15 08:12:49
jiaoyixiong: 模拟EPI+1 2012-11-15 08:13:57
jiaoyixiong: 应助指数-1, 非应助回帖的内容，请不要点应助回帖哦，下次要扣金币喽，抱歉，前面弄错了 2012-11-15 08:14:31