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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用gromacs 做 NPT模拟的时候出错
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voleyes

银虫 (正式写手)

[求助] 用gromacs 做 NPT模拟的时候出错

Fatal error:
The X-size of the box (6.190344) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than the number of DD cells (8) times the smallest allowed cell size (0.773953)


这是怎么回事？应该怎么解决呢？
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1楼 2013-05-14 16:43:55
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emrecoba

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 应助指数+1, 鼓励交流 2013-06-17 09:22:47
voleyes: 金币+3 2013-06-17 17:35:59
是跑的并行计算吧？ 你的模拟体系最小体系边长为0.7793 nm，现在你的盒子x轴边长为6.190344。你设定的并行参数需要在x轴把盒子8等分，不够分了。
可以试着检查一下1－4相互作用，constraint bond 等等。这些对最小体系边长都有影响，如果确定都okay的话，最简单的方法：减少并行所需的CPU数目。
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2楼2013-06-17 09:08:25
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
voleyes: 金币+2 2013-06-17 17:36:03
我遇到过这样的错误，楼上说的“减少并行所需的CPU数目”，可行！

选用并行计算的CPU数目，要和你的计算体系大小相匹配。
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3楼2013-06-17 09:24:42
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