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Gromacs处理二氧化硅为基底的体系
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| 我用gromacs模拟有机分子在二氧化硅(100)表面的吸附作用，但是怎么写二氧化硅基底的pdb文件和top文件呢，PRODRG2无法生成gromacs能读取的pdb，谢谢。 |
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2楼2012-06-08 05:49:37
【答案】应助回帖
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张筱宇: 金币+25, ★有帮助 2012-06-09 15:50:39
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二氧化硅的PDB文件，可以通过VMD生成，还可以做成你自己想要的任何形状。VMD生成的PDB文件gromacs可以直接读取的，这个我自己就用过。 top文件可以自己写个脚本程序生成，VMD能够生成二氧化硅氧原子和硅原子之间的键，角，二面角等信息，根据力场参数，你就能实现把这些信息写成gromacs所读取的 itp 文件。 思路如此，详情自虑 |
3楼2012-06-08 08:14:35
4楼2012-06-08 18:54:11