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voleyes

银虫 (正式写手)

[求助] 用gromacs 做 NPT模拟的时候出错

Fatal error:
The X-size of the box (6.190344) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than the number of DD cells (8) times the smallest allowed cell size (0.773953)


这是怎么回事?应该怎么解决呢?
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emrecoba

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 应助指数+1, 鼓励交流 2013-06-17 09:22:47
voleyes: 金币+3 2013-06-17 17:35:59
是跑的并行计算吧? 你的模拟体系最小体系边长为0.7793 nm,现在你的盒子x轴边长为6.190344。你设定的并行参数需要在x轴把盒子8等分,不够分了。
可以试着检查一下1-4相互作用,constraint bond 等等。这些对最小体系边长都有影响,如果确定都okay的话,最简单的方法:减少并行所需的CPU数目。
2楼2013-06-17 09:08:25
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
voleyes: 金币+2 2013-06-17 17:36:03
我遇到过这样的错误,楼上说的“减少并行所需的CPU数目”,可行!

选用并行计算的CPU数目,要和你的计算体系大小相匹配。
3楼2013-06-17 09:24:42
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