| 查看: 963 | 回复: 1 | ||
[求助]
用gromacs做pulling MD 分子不动怎么回事？ 已有1人参与
|
|
想做PMF，看了网上的例子，要先用pulling得到用于PMF计算的初始构型 定义了两组分子 MOL1 MOL2， 其中MOL1不动，拉MOL2，运行了200ps，MOL2就是不动，这是怎么回事？ pull参数如下 ; Pull code pull = umbrella pull_geometry = distance ; simple distance increase pull_dim = N N Y pull_start = yes pull_ngroups = 1 pull_group0 = MOL1 pull_group1 = MOL2 pull_rate1 = 0.01 ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns pull_k1 = 1000 ; kJ mol^-1 nm^-2 |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有10人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有11人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- gromacs做全原子模拟时候，突然到MD这一步出错
已经有6人回复
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-22 12:23:46
月只蓝: 金币+3, 鼓励新手参与讨论。 2013-12-22 12:23:52
vallen(月只蓝代发): 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:11:14
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-22 12:23:46
月只蓝: 金币+3, 鼓励新手参与讨论。 2013-12-22 12:23:52
vallen(月只蓝代发): 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:11:14
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2013-12-21 23:31:44
