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vallen

银虫 (正式写手)

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[求助] 用gromacs做pulling MD 分子不动怎么回事？已有1人参与

想做PMF，看了网上的例子，要先用pulling得到用于PMF计算的初始构型

定义了两组分子 MOL1  MOL2，其中MOL1不动，拉MOL2，运行了200ps，MOL2就是不动，这是怎么回事？

pull参数如下
; Pull code
pull          = umbrella
pull_geometry = distance  ; simple distance increase
pull_dim       = N N Y
pull_start    = yes
pull_ngroups = 1
pull_group0    = MOL1
pull_group1    = MOL2
pull_rate1    = 0.01    ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns
pull_k1       = 1000    ; kJ mol^-1 nm^-2

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gromacs做全原子模拟时候，突然到MD这一步出错已经有6人回复

1楼 2013-12-19 21:33:14

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smutao

禁虫 (著名写手)

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-22 12:23:46
月只蓝: 金币+3, 鼓励新手参与讨论。 2013-12-22 12:23:52
vallen(月只蓝代发): 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:11:14

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2楼2013-12-21 23:31:44