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用gromacs做pulling MD 分子不动怎么回事？已有1人参与
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想做PMF，看了网上的例子，要先用pulling得到用于PMF计算的初始构型 定义了两组分子 MOL1 MOL2， 其中MOL1不动，拉MOL2，运行了200ps，MOL2就是不动，这是怎么回事？ pull参数如下 ; Pull code pull = umbrella pull_geometry = distance ; simple distance increase pull_dim = N N Y pull_start = yes pull_ngroups = 1 pull_group0 = MOL1 pull_group1 = MOL2 pull_rate1 = 0.01 ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns pull_k1 = 1000 ; kJ mol^-1 nm^-2 |
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2楼2013-12-21 23:31:44