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屁桃粉

新虫 (小有名气)

[求助] 急！急！急！用Gromacs时在赋力场这步出现了错误，不知道该怎么解决？ 已有1人参与

我在用Gromacs时，使用program pdb2gmx准备给酶赋上charmm27的力场，却这出现了错误，错误的信息截图附在后面。
由于我的酶是人工带上一个铜离子，可能Gromacs不能给附加离子的酶赋力场，那么请问在加入离子那步该怎么输入命令，才能把额外的铜离子给添加进去？

急！急！急！用Gromacs时在赋力场这步出现了错误，不知道该怎么解决？
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急！急！急！用Gromacs时在赋力场这步出现了错误，不知道该怎么解决？-1
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1楼 2015-11-03 17:05:51
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aixintian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
屁桃粉: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-11-04 10:35:02
你说得没错，是铜离子的缘故！因为缺少铜离子拓扑文件，所以报错！至于怎么加，就是要写一个铜离子的拓扑文件。你找到铜离子的相关参数，写一个铜离子的itp文件，然后引入到蛋白top文件中，当然你也可以直接在蛋白top文件中写入。参数你可以选用gaff立场参数。你也可以用量力化学计算得到，或者找文献。至于怎么写top文件，最简单的方法是，你按照gromacs教程下的protein-ligand systems 下的第二个教程，enzyme complex solvation 的方法。虽然他是钙离子，你是铜离子，你先按照钙离子的方法生存top文件，然后将钙离子的参数替换为铜就可以。或者你把铜离子看成一个配体，按照一个小分子的方法处理它即可。

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人生是个解不开的迷
2楼2015-11-03 21:17:07
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屁桃粉

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by aixintian at 2015-11-03 21:17:07
你说得没错，是铜离子的缘故！因为缺少铜离子拓扑文件，所以报错！至于怎么加，就是要写一个铜离子的拓扑文件。你找到铜离子的相关参数，写一个铜离子的itp文件，然后引入到蛋白top文件中，当然你也可以直接在蛋白t ...

谢谢你的耐心解答！可是我是GMX的初学者，很多都还不懂，你说的gromacs教程指的是哪个啊？可以发链接我吗？
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3楼2015-11-04 10:36:12
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aixintian

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 屁桃粉 at 2015-11-04 10:36:12
谢谢你的耐心解答！可是我是GMX的初学者，很多都还不懂，你说的gromacs教程指的是哪个啊？可以发链接我吗？...

http://cinjweb.umdnj.edu/~kerrigje/pdf_files/trp_drug_tutor.pdf
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人生是个解不开的迷
4楼2015-11-04 16:03:47
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