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eastlife

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MDs-Gromacs gromacs xuexijisuan

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huyingdamon

银虫 (小有名气)


兄弟 看到你的帖子 我现在跟你一样 着急得很 我也是需要邮寄溶剂模型 我有了乙腈top跟gro后,把它当小分子一样插进去 跟你的方法差不多我倒是插进去了 能量最小化还好好地 但一到NVT平衡就运行不了了 不知道您现在解决这个问题了没 还有你说在top中不显示加入甲醇的数目 这是对的 只有gromacs自带的水溶剂加进去才会显示 其他溶剂要自己在top中加进去的
10楼2013-09-20 10:42:38
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1、不知道语句怎么编写 ,你应该去仔细阅读手册啊。
2、据我所知,没有自带的“醇、乙醇、尿素的结构”,不过这些小分子你可以直接找到他们的PDB 文件和力场参数,具体的混合你可以试试packmol,一个很小但是很好用的建模软件
2楼2013-08-27 15:58:05
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
溶剂分子一个一个加就是了:
1. 做出水箱
2. 向水箱里插入一种溶剂
3. 再向2所得溶液插入另一种溶剂
.....
genbox有-i选项
3楼2013-08-28 08:00:49
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eastlife

禁虫 (初入文坛)

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4楼2013-08-28 21:54:51
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